PDB-3fya: Crystal Structure of an R35A mutant of the Restriction-Modificati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fya

タイトル

Crystal Structure of an R35A mutant of the Restriction-Modification Controller Protein C.Esp1396I

要素

Regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / transcriptional regulator / helix-turn-helix / Restriction-modification

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Ball, N.J. / McGeehan, J.E. / Thresh, S.J. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the restriction-modification controller protein C.Esp1396I.
著者: Ball, N. / Streeter, S.D. / Kneale, G.G. / McGeehan, J.E.

履歴

登録	2009年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fya.cif.gz	42.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fya.ent.gz	29.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/3fya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/3fya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g5gC 3clcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g5g-5 4o6q-d 4d3l-3 3wah-2 1pkv-d 3wah-1 6jlg-5 3g5g-4 3g5g-2 4hc6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Regulatory protein

B: Regulatory protein

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.435, 48.435, 135.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	THR	THR	A	A	3 - 36	23 - 56
2	1	SER	SER	THR	THR	B	B	3 - 36	23 - 56
1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	38 - 43	58 - 63
2	2	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	38 - 43	58 - 63
1	3	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	47 - 75	67 - 95
2	3	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	47 - 75	67 - 95

#1: タンパク質	Regulatory protein 分子量: 11324.147 Da / 分子数: 2 / 変異: R35A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterobacter sp. (バクテリア) / 株: RFL1396 / 遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q8GGH0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: precipitation / pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 40 mM Tris-HCl, 5 % w/v glycerol, 2.5 mM CaCl2, pH 8.0, precipitation, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.952→41.959 Å / Num. all: 3840 / Num. obs: 3839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 86 Å² / R_merge(I) obs: 0.263 / R_sym value: 0.263 / Net I/σ(I): 1.394

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.95-3.11	5.5	0.412	1.9	3041	553	0.412	100
3.11-3.3	5.5	0.229	3.2	2922	528	0.229	100
3.3-3.53	5.6	0.147	5.1	2760	496	0.147	100
3.53-3.81	5.5	0.105	6.8	2555	466	0.105	100
3.81-4.17	8	0.3	1.5	3308	414	0.3	100
4.17-4.66	10.9	0.388	1.3	4244	388	0.388	100
4.66-5.39	11	0.388	1.4	3844	348	0.388	100
5.39-6.6	10.7	0.339	1.5	3104	289	0.339	100
6.6-9.33	9.9	0.243	1.7	2251	227	0.243	100
9.33-41.92	8	0.104	4.3	1040	130	0.104	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CLC

3clc

解像度: 3→35.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.248 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.811 / SU B: 50.745 / SU ML: 0.406 / SU R Cruickshank DPI: 0.453 / SU R_free: 0.486 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	164	4.5 %	RANDOM
R_work	0.248	-	-	-
obs	0.249	3615	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.28 Å² / B_iso mean: 56.744 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0.21 Å²	0 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→35.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1208	0	0	0	1208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.69	1.998	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.971	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.249	24.667	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.613	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.701	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.326	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.409	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.35	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.401	1.5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.623	2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.803	3	478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.264	4.5	401

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 524 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
TIGHT THERMAL	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.001→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	17	-
R_work	0.305	239	-
all	-	256	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.3308	0.1278	5.93	6.6956	-4.3753	15.8733	-0.5287	-0.337	0.2507	0.68	0.0457	0.1607	-1.0882	0.1207	0.483	-0.3289	0.0324	-0.0144	0.214	0.0742	-0.1637	11.8108	4.5072	6.9148
2	9.5146	-3.0602	0.3386	2.0107	-0.3308	4.5993	-0.1236	-0.0358	-0.1526	-0.5419	-0.3265	-0.2928	-0.2744	0.1971	0.4502	-0.0936	-0.1471	-0.045	0.4162	0.1537	0.2487	29.9081	5.9774	-2.2473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 79

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)