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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fy6 | ||||||
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タイトル | Structure from the mobile metagenome of V. Cholerae. Integron cassette protein VCH_CASS3 | ||||||
![]() | Integron cassette protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Novel / Integron cassette protein / Vibrio cholerae / Oyster pond / Woodshole / USA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Integron cassette protein fold / Integron cassette protein superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Integron cassette protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Harrop, S.J. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Tan, K. ...Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Harrop, S.J. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Tan, K. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites. 著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15325.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate , 2.0M sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→74.43 Å / Num. all: 33584 / Num. obs: 33584 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.992 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.126 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.867 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain D |