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- PDB-3fy6: Structure from the mobile metagenome of V. Cholerae. Integron cas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fy6
タイトルStructure from the mobile metagenome of V. Cholerae. Integron cassette protein VCH_CASS3
要素Integron cassette protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Novel / Integron cassette protein / Vibrio cholerae / Oyster pond / Woodshole / USA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Integron cassette protein fold / Integron cassette protein superfamily / : / : / Integron cassette protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Integron cassette protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Harrop, S.J. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Tan, K. ...Deshpande, C.N. / Sureshan, V. / Harrop, S.J. / Boucher, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Tan, K. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites.
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integron cassette protein
B: Integron cassette protein
C: Integron cassette protein
D: Integron cassette protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3014
ポリマ－61,3014
非ポリマー00
水5,819323
1
A: Integron cassette protein
C: Integron cassette protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6512
ポリマ－30,6512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
2
B: Integron cassette protein
D: Integron cassette protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6512
ポリマ－30,6512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.332, 97.398, 115.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Integron cassette protein


分子量: 15325.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: OPVCH_OP8A / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1E6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate , 2.0M sodium Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→74.43 Å / Num. all: 33584 / Num. obs: 33584 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 24.992 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→44.867 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 2000 5.96 %
Rwork0.1695 --
obs0.1728 33541 98.98 %
all-33541 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.126 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4064 0 0 323 4387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.945692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8361504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15260.27861390.20572194X-RAY DIFFRACTION99
2.1526-2.21080.27691420.19592236X-RAY DIFFRACTION99
2.2108-2.27580.25681400.19112225X-RAY DIFFRACTION99
2.2758-2.34930.24711410.17842200X-RAY DIFFRACTION99
2.3493-2.43330.24111420.18182254X-RAY DIFFRACTION99
2.4333-2.53070.25341410.17542231X-RAY DIFFRACTION100
2.5307-2.64580.24881440.18272259X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.78530.25461440.17082256X-RAY DIFFRACTION100
2.7853-2.95980.19241430.16642272X-RAY DIFFRACTION100
2.9598-3.18830.22151430.16772252X-RAY DIFFRACTION99
3.1883-3.5090.22261420.15812246X-RAY DIFFRACTION99
3.509-4.01650.18721450.14412274X-RAY DIFFRACTION98
4.0165-5.05920.18971440.14262278X-RAY DIFFRACTION98
5.0592-44.87720.21641500.18032364X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.8627-0.0761-0.2870.26180.01860.3188-0.0477-0.0759-0.18490.02380.04710.016-0.08790.00990.00210.10980.0224-0.00540.08220.00940.1002-5.985258.757742.9257
20.38280.1197-0.17890.32770.29820.45980.08110.14570.0157-0.0453-0.0467-0.1612-0.13090.0346-0.02890.1292-0.0023-0.0080.1248-0.01340.103
30.9594-0.2849-0.12260.22580.08790.1771-0.0159-0.0452-0.05450.00090.0553-0.0704-0.05010.0413-0.02840.1167-0.0106-0.00480.1161-0.01180.1795
40.73940.05650.15670.305-0.13540.28830.02610.24560.00070.05860.04080.0724-0.0041-0.0561-0.04750.11020.0148-0.0080.2226-0.00470.1251
精密化 TLSグループSelection details: chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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