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万見
- PDB-3fy4: (6-4) Photolyase Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fy4
タイトル(6-4) Photolyase Crystal Structure
要素6-4 photolyase
キーワードLYASE / (6-4) Photolyase / DNA Repair / Clock Cryptochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


(6-4)DNA photolyase / DNA (6-4) photolyase activity / pyrimidine dimer repair / response to UV / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / PHOSPHATE ION / (6-4)DNA photolyase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hitomi, K. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Functional motifs in the (6-4) photolyase crystal structure make a comparative framework for DNA repair photolyases and clock cryptochromes.
著者: Hitomi, K. / DiTacchio, L. / Arvai, A.S. / Yamamoto, J. / Kim, S.T. / Todo, T. / Tainer, J.A. / Iwai, S. / Panda, S. / Getzoff, E.D.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-4 photolyase
B: 6-4 photolyase
C: 6-4 photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,03822
ポリマ－185,1203
非ポリマー3,91819
水12,214678
1
A: 6-4 photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9907
ポリマ－61,7071
非ポリマー1,2836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6-4 photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1289
ポリマ－61,7071
非ポリマー1,4218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 6-4 photolyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9216
ポリマ－61,7071
非ポリマー1,2145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.447, 139.033, 143.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 6-4 photolyase


分子量: 61706.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: 6-4 PHOTOLYASE, UVR3 / プラスミド: pKK223 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: O48652

-
非ポリマー , 5種, 697分子

#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0688 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60 Å / Num. obs: 59584 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.7→55.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 74928 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3016 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-59584 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.134 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 111.63 Å2 / Biso mean: 39.974 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.97 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---3.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→55.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12553 0 260 678 13491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.752.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 477 5.3 %
Rwork0.304 8564 -
all-9041 -
obs--88.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4FAD.parFAD.top
X-RAY DIFFRACTION5XXX.parXXX.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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