PDB-3fx3: Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Sili...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fx3

タイトル

Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3

要素

Cyclic nucleotide-binding protein

キーワード

cAMP-binding protein / helix_turn_helix / cAMP Regulatory protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3
著者: Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fx3.cif.gz	111.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fx3.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fx3_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fx3_full_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示
XML形式データ	3fx3_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	3fx3_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h3z-d 5ea1-d 4lp7-2 4by5-2 1zqs-d 8icg-d 8icu-d 4by5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc88413

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cyclic nucleotide-binding protein

B: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.728, 137.728, 94.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

詳細

authors state that the biological assembly is unknown but likely a dimer

#1: タンパク質	Cyclic nucleotide-binding protein 分子量: 26405.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 株: DSS-3 / 遺伝子: SPOA0323 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LKQ8
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.49M NaH2PO4, 0.91M K2HPO4, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97926,0.97940

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.9794	1

Reflection

冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 35.95 / 数: 236761 / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 2.35 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.42	50	96	1	0.075	10.779	6.3
4.31	5.42	99.6	1	0.057	5.195	6.5
3.76	4.31	100	1	0.056	3.773	6.8
3.42	3.76	100	1	0.062	3.028	7
3.17	3.42	100	1	0.07	2.377	7
2.99	3.17	100	1	0.086	1.959	7.1
2.84	2.99	100	1	0.108	1.605	7.2
2.71	2.84	100	1	0.135	1.347	7.1
2.61	2.71	100	1	0.166	1.123	7.2
2.52	2.61	100	1	0.191	1.014	7.2
2.44	2.52	100	1	0.22	0.989	7.2
2.37	2.44	100	1	0.273	0.964	7.2
2.31	2.37	100	1	0.34	0.928	7.2
2.25	2.31	100	1	0.409	0.881	7.2
2.2	2.25	99.7	1	0.491	0.935	6.5

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 33872 / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 44.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 2.347 / Net I/σ(I): 35.955

反射シェル

解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Num. unique all: 2284 / Χ²: 0.935 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 33750 / Reflection centric: 0

Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
1	1.85	0.3	0	33750
2	0.89	12	0.77	33604

Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Power acentric	Reflection acentric
1	13.46-50	1.07	1	0	113
1	7.77-13.46	1.18	1.2	0	581
1	5.47-7.77	1.61	0.9	0	1438
1	4.21-5.47	1.19	0.7	0	2608
1	3.43-4.21	1.23	0.4	0	4119
1	2.89-3.43	2	0.3	0	5992
1	2.5-2.89	6.82	0.2	0	8171
1	2.2-2.5	9.46	0.1	0	10728
2	13.46-50	0.72	18.5	1.98	107
2	7.77-13.46	0.63	16	2.1	567
2	5.47-7.77	0.71	14.9	1.78	1430
2	4.21-5.47	0.79	15.3	1.31	2599
2	3.43-4.21	0.85	14.7	0.95	4106
2	2.89-3.43	0.9	11.5	0.81	5974
2	2.5-2.89	0.96	10.2	0.57	8143
2	2.2-2.5	0.99	11.2	0.31	10678

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	41.32611	0.867	0.888	0.038	0
2	Se	33.1231	0.966	0.865	-0.009	0
3	Se	50.45021	0.785	0.87	0.049	0
4	Se	34.117	0.65	0.782	0.073	0
5	Se	43.09872	0.596	0.679	0.274	0
6	Se	40.91866	0.456	0.51	0.351	0
7	Se	65.09601	0.593	0.842	-0.095	0
8	Se	72.02515	0.603	0.578	0.45	0
9	Se	67.81525	0.66	0.732	0.172	0
10	Se	138.67497	0.419	0.457	0.459	0
11	Se	89.13187	0.647	0.709	0.186	0
12	Se	39.83096	0.867	0.889	0.038	-0.116
13	Se	36.43557	0.967	0.866	-0.009	-0.093
14	Se	48.84646	0.785	0.87	0.049	-0.11
15	Se	34.62918	0.65	0.782	0.073	-0.087
16	Se	38.22009	0.596	0.679	0.273	-0.078
17	Se	42.17036	0.456	0.51	0.351	-0.078
18	Se	60.48792	0.593	0.841	-0.095	-0.047
19	Se	76.92637	0.603	0.579	0.45	-0.066
20	Se	63.68171	0.66	0.732	0.171	-0.042
21	Se	149.55197	0.419	0.457	0.459	-0.069
22	Se	99.54771	0.647	0.709	0.185	-0.029

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	Reflection acentric	反射
13.46-50	0.729	113
7.77-13.46	0.797	581	-1073768760
5.47-7.77	0.791	1438
4.21-5.47	0.723	2608
3.43-4.21	0.636	4119	135909581
2.89-3.43	0.554	5992	3
2.5-2.89	0.372	8171	-1
2.2-2.5	0.177	10728

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33750

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.5-100	53.6	0.881	508
6.92-8.5	39.5	0.926	514
5.98-6.92	40.3	0.922	577
5.35-5.98	39.5	0.927	653
4.88-5.35	41.8	0.931	764
4.52-4.88	39.8	0.937	795
4.22-4.52	41	0.941	884
3.98-4.22	40.9	0.937	946
3.78-3.98	43.6	0.92	970
3.6-3.78	45.4	0.916	1023
3.45-3.6	45.2	0.914	1094
3.31-3.45	46.1	0.918	1134
3.19-3.31	44.1	0.913	1177
3.08-3.19	48.5	0.894	1213
2.98-3.08	48.5	0.896	1234
2.89-2.98	50.4	0.879	1299
2.81-2.89	51.6	0.88	1337
2.74-2.81	55.1	0.87	1374
2.67-2.74	55.5	0.861	1383
2.6-2.67	57.8	0.862	1443
2.54-2.6	60.1	0.873	1496
2.49-2.54	62.1	0.88	1492
2.44-2.49	62.3	0.868	1564
2.39-2.44	65.9	0.875	1536
2.34-2.39	68.4	0.865	1648
2.3-2.34	66.7	0.85	1625
2.25-2.3	72.6	0.831	1630
2.2-2.25	77.5	0.737	2437

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→31.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.223 / WR_factor R_work: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.893 / SU B: 9.288 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / SU R_free: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.171
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1713	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
all	0.183	33749	-	-
obs	0.183	33749	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.23 Å² / B_iso mean: 36.656 Å² / B_iso min: 21.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	-0.63 Å²	0 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3464	0	42	304	3810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.97	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3.001	5998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.784	5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.289	23.291	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.303	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.959	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.182	1.5	914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.396	2	3710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.414	3	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.862	4.5	1268

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	135	-
R_work	0.224	2387	-
all	-	2522	-
obs	-	-	98.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5455	0.2754	-0.4352	2.3568	-0.5245	0.7341	-0.0459	0.2791	-0.1315	-0.2322	0.0583	0.3626	0.0783	-0.1949	-0.0124	0.0455	0.0012	-0.0456	0.0954	-0.0391	0.0854	42.968	52.4712	33.9267
2	1.5923	0.1258	-0.0347	1.8488	-0.647	0.984	0.0549	0.0264	0.1945	0.1397	0.039	0.1604	-0.174	-0.0808	-0.0939	0.091	0.0245	0.0333	0.0741	0.0243	0.0414	50.9555	79.7071	31.8625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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