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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fx3 | ||||||
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タイトル | Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3 | ||||||
![]() | Cyclic nucleotide-binding protein | ||||||
![]() | cAMP-binding protein / helix_turn_helix / cAMP Regulatory protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3 著者: Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | authors state that the biological assembly is unknown but likely a dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26405.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.49M NaH2PO4, 0.91M K2HPO4, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 35.95 / 数: 236761 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 2.35 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 33872 / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 2.347 / Net I/σ(I): 35.955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Num. unique all: 2284 / Χ2: 0.935 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0 / 反射: 0 / Reflection acentric: 33750 / Reflection centric: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.23 Å2 / Biso mean: 36.656 Å2 / Biso min: 21.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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