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Yorodumi- PDB-3fx3: Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Sili... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fx3 | ||||||
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Title | Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3 | ||||||
Components | Cyclic nucleotide-binding protein | ||||||
Keywords | cAMP-binding protein / helix_turn_helix / cAMP Regulatory protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Ruegeria pomeroyi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Structure of a putative cAMP-binding regulatory protein from Silicibacter pomeroyi DSS-3 Authors: Cuff, M.E. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fx3.cif.gz | 107.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fx3.ent.gz | 86.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3fx3_validation.pdf.gz | 455.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3fx3_full_validation.pdf.gz | 458.3 KB | Display | |
Data in XML | 3fx3_validation.xml.gz | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3fx3_validation.cif.gz | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fx3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | authors state that the biological assembly is unknown but likely a dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 26405.201 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruegeria pomeroyi (bacteria) / Strain: DSS-3 / Gene: SPOA0323 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5LKQ8 #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.49M NaH2PO4, 0.91M K2HPO4, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97926,0.97940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7 % / Av σ(I) over netI: 35.95 / Number: 236761 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 2.35 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 33872 / Num. obs: 33872 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 2.347 / Net I/σ(I): 35.955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.25 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Num. unique all: 2284 / Χ2: 0.935 / % possible all: 99.7 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0 / Reflection: 0 / Reflection acentric: 33750 / Reflection centric: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 0 / Highest resolution: 2.2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set shell | R cullis centric: 0 / Loc centric: 0 / Power centric: 0 / Reflection centric: _
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 33750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.2→31.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.893 / SU B: 9.288 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / SU Rfree: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.171 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.23 Å2 / Biso mean: 36.656 Å2 / Biso min: 21.21 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→31.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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