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万見
- PDB-3ftm: Class II ligase ribozyme product-template duplex, structure 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ftm
タイトルClass II ligase ribozyme product-template duplex, structure 1
要素
  • 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'
  • 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'
キーワードRNA / ribozyme / ligase / 2'-5' / 2-5 / 2p5
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pitt, J.N. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structure-guided engineering of the regioselectivity of RNA ligase ribozymes.
著者: Pitt, J.N. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'
C: 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,12415
ポリマ－14,8274
非ポリマー29711
水1086
1
A: 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5598
ポリマ－7,4142
非ポリマー1466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area4260 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5657
ポリマ－7,4142
非ポリマー1515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area4290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.550, 31.550, 171.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*UP*GP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量: 3579.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template stand of the class II ligase a4-11
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*A)-3'


分子量: 3834.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Product strand of the class II ligase a4-11, single stranded RNA with one 2'-5' linkage
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 mM RNA duplex, 10mM magnesium chloride, 200mM magnesium acetate, 15% PEG 8000, 50mM cacodylate pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2magnesium acetate11
3PEG 800011
4cacodylate11
5magnesium chloride12
6magnesium acetate12
7PEG 800012
8cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 4565 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 92.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 458 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.7→29.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 141151.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 467 10.6 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 4423 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å20 Å20 Å2
2--2.81 Å20 Å2
3----5.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 982 11 6 999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.6
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 75 10.7 %
Rwork0.436 623 -
obs--91 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2pitt.parampitt.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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