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- PDB-3ftj: Crystal structure of the periplasmic region of MacB from Actinoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ftj
タイトルCrystal structure of the periplasmic region of MacB from Actinobacillus actinomycetemcomitans
要素Macrolide export ATP-binding/permease protein macB
キーワードHYDROLASE / macrolide-specific pump / ABC-type transporter / heat stable exotoxin II / membrane protein / periplasmic region / Antibiotic resistance / ATP-binding / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Nucleotide-binding / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus actinomycetemcomitans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Xu, Y. / Ha, N.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the periplasmic region of MacB, a noncanonic ABC transporter
著者: Xu, Y. / Sim, S.-H. / Nam, K.H. / Jin, X.L. / Kim, H.-M. / Hwang, K.Y. / Lee, K. / Ha, N.-C.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide export ATP-binding/permease protein macB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7271
ポリマ－24,7271
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.444, 108.444, 92.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細THE FULL-LENGTH MACB WAS CONFIRMED AS A HOMODIMER. HOWEVER, ONLY THE PERIPLASMIC REGION BEHAVED AS A MONOMER ON A SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY, PERFORMED BY THE DEPOSITORS RESEARCH GROUP. THUS THEY SPECULATE THAT THE DIMERIC FORMATION OF FULL-LENGTH MACB IS RESPONSIBLE FOR THE CYTOPLASMIC NBD OR THE TRANSMEMBRANE SEGMENT.

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要素

#1: タンパク質 Macrolide export ATP-binding/permease protein macB / MacB


分子量: 24726.875 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic region, UNP residues 293-518 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus actinomycetemcomitans (バクテリア)
遺伝子: macB, MACB_ACTAC / プラスミド: pPROEX-HTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q2EHL8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1% PEG 400, 2.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11731
21731
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPAL/PLS 4A20.97943, 0.97963, 0.97175
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年5月5日double mirror
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年6月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1sillicon crystal, double mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979431
30.979631
40.971751
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 14360 / Num. obs: 13829 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1075 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.999→33.158 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / Data cutoff high absF: 47369.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.12 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 694 5.02 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
obs0.202 13828 50.13 %-
all-14360 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.295 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.29 Å2 / Biso mean: 31.375 Å2 / Biso min: 13.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.817 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.817 Å20 Å2
3----3.634 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→33.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 0 139 1788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9582248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.604619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9992-2.15360.32741250.2582265X-RAY DIFFRACTION44
2.1536-2.37030.26341400.21452654X-RAY DIFFRACTION51
2.3703-2.71310.2481470.20612681X-RAY DIFFRACTION51
2.7131-3.41770.24861510.19252705X-RAY DIFFRACTION52
3.4177-33.16270.22051310.1832829X-RAY DIFFRACTION53
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ater_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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