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万見
- PDB-3fru: NEONATAL FC RECEPTOR, PH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fru
タイトルNEONATAL FC RECEPTOR, PH 6.5
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • NEONATAL FC RECEPTOR
キーワードCOMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/BINDING PROTEIN) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / IgG receptor activity / IgG binding / Neutrophil degranulation / beta-2-microglobulin binding ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / IgG receptor activity / IgG binding / Neutrophil degranulation / beta-2-microglobulin binding / humoral immune response / response to cadmium ion / cellular response to iron ion / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Beta-2-microglobulin / IgG receptor FcRn large subunit p51
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vaughn, D.E. / Burmeister, W.P. / Bjorkman, P.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structural basis of pH-dependent antibody binding by the neonatal Fc receptor.
著者: Vaughn, D.E. / Bjorkman, P.J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure at 2.2 A Resolution of the Mhc-Related Neonatal Fc Receptor
著者: Burmeister, W.P. / Gastinel, L.N. / Simister, N.E. / Blum, M.L. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録1997年12月22日処理サイト: BNL
置き換え1998年6月10日ID: 1FRU
改定 1.01998年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年3月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEONATAL FC RECEPTOR
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: NEONATAL FC RECEPTOR
D: BETA-2-MICROGLOBULIN
E: NEONATAL FC RECEPTOR
F: BETA-2-MICROGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,31515
ポリマ－125,9266
非ポリマー3,3899
水11,169620
1
A: NEONATAL FC RECEPTOR
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7277
ポリマ－41,9752
非ポリマー1,7525
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
C: NEONATAL FC RECEPTOR
D: BETA-2-MICROGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5355
ポリマ－41,9752
非ポリマー1,5593
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
3
E: NEONATAL FC RECEPTOR
F: BETA-2-MICROGLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0533
ポリマ－41,9752
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.500, 191.700, 149.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THIS ENTRY CONSISTS OF THREE FCRN HETERODIMERS AS THEY ARE ARRANGED IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE HEAVY CHAINS COMPRISE RESIDUES A 1 - A 269, C 1 - C 269, AND E 5 - E 269. WITHIN EACH HEAVY CHAIN THERE ARE THREE DOMAINS: ALPHA1 (1 - 87), ALPHA2 (88 - 179) AND ALPHA3 (179 - 269). THE LIGHT CHAINS ARE B 1 - B 99 (ASSOCIATED WITH HEAVY CHAIN A), D 1 - D 99 (ASSOCIATED WITH HEAVY CHAIN C) AND F 1 - F 99 (ASSOCIATED WITH HEAVY CHAIN E).

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 NEONATAL FC RECEPTOR / FCRN / BRAMBELL RECEPTOR


分子量: 30322.887 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GLUTAMINE SYNTHETASE SELECTION / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P13599
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11652.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GLUTAMINE SYNTHETASE SELECTION / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P07151

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糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAca1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-2-3-4-1-5-6/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4-5-6/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c6-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 625分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMPIPES1drop
30.02 %1dropNaN3
415 %PEG30001reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoir
6100 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 83821 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射
*PLUS
Num. measured all: 436000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
CCP4モデル構築
CNSDEVELOPMENTAL精密化
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→25 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 -5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 83821 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 82.37 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.408 Å20 Å20 Å2
2--13.022 Å20 Å2
3----5.614 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8877 0 220 620 9717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED / Rms dev position: 30 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS DEVELOPMENTAL' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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