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万見
- PDB-3fp5: Crystal structure of ACBP from Moniliophthora perniciosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fp5
タイトルCrystal structure of ACBP from Moniliophthora perniciosa
要素Acyl-CoA Binding Protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ACBP / Moniliophthora perniciosa / cacao disease / FATTY ACID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA Binding Protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moniliophthora perniciosa (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Monzani, P.S. / Pereira, H.M. / Melo, F.A. / Meirelles, F.V. / Oliva, G. / Cascardo, J.C.M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: A new topology of ACBP from Moniliophthora perniciosa.
著者: Monzani, P.S. / Pereira, H.M. / Melo, F.A. / Meirelles, F.V. / Oliva, G. / Cascardo, J.C.
履歴
登録2009年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA Binding Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3753
ポリマ－12,1151
非ポリマー2612
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.500, 41.024, 82.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA Binding Protein


分子量: 12114.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moniliophthora perniciosa (菌類) / 遺伝子: MpACBP / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D1MPT1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6.5
詳細: 100mM Mes pH 6.5, 25% PEG 550MME, 10mM ZnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月19日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射モノクロメーター: OSMIC BLUE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.606→41.239 Å / Num. obs: 14876 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 84.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FJ9

2fj9


解像度: 1.61→18.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 1.36 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 733 5.04 %
Rwork0.186 --
obs0.188 14544 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.864 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.432 Å2-0 Å2
3----0.954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→18.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数872 0 13 204 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9281218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.765342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005152
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.61-1.730.2821280.2362509X-RAY DIFFRACTION90
1.73-1.9040.2441580.1872703X-RAY DIFFRACTION97
1.904-2.1790.231510.1622796X-RAY DIFFRACTION99
2.179-2.7440.1911360.1652846X-RAY DIFFRACTION99
2.744-18.6860.1851600.1812957X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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