PDB-3fnu: Crystal structure of KNI-10006 bound histo-aspartic protease (HAP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fnu

タイトル

Crystal structure of KNI-10006 bound histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum

要素

HAP protein

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Histo-aspartic protease / HYDROLASE / Plasmepsin / Aspartic protease / KNI / KNI-10006 / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class II antigen presentation / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / Neutrophil degranulation / vacuolar lumen / food vacuole / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bhaumik, P. / Gustchina, A. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of the histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum.
著者: Bhaumik, P. / Xiao, H. / Parr, C.L. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A.

履歴

登録	2008年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fnu.cif.gz	261.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fnu.ent.gz	220.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fnu_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fnu_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3fnu_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	3fnu_validation.cif.gz	68.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fnsC 3fntC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hep-1 4yga-1 2y4i-d 6jmv-d 4kuj-d 5dbi-d 5d3e-3 4yga-3 1qs8-3 3p1r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HAP protein

B: HAP protein

C: HAP protein

D: HAP protein

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HAP protein

B: HAP protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HAP protein

D: HAP protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.100, 166.100, 276.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	0 - 327
2	1	1	1	B	0 - 327
1	1	2	1	C	0 - 327
2	1	2	1	D	0 - 327

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Four molecules of histo-aspartic protease (HAP) are present in the asymmetric unit. These four molecules are present as two dimers. Each protein molecule is complexed to one KNI-10006 molecule.

#1: タンパク質	HAP protein 分子量: 37435.250 Da / 分子数: 4 / 断片: Histo-aspartic protease / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: HAP, PF14_0078 / プラスミド: pET32b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8IM15
#2: 化合物	ChemComp-006 / (4R)-3-[(2S,3S)-3-{[(2,6-dimethylphenoxy)acetyl]amino}-2-hydroxy-4-phenylbutanoyl]-N-[(1S,2R)-2-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide / KNI-10006 / KNI-10006 タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 631.782 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₁N₃O₆S / 参照: KNI-10006
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.42 % 解説: AUTHORS STATE THAT THE VALUE OF RMERGE IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL IS HIGH DUE TO POORLY DIFFRACTING CRYSTAL/HIGH SYMMETRY SPACE GROUP/HIGHLY REDUNDANT DATA. CRYSTAL HAS SUFFERED SOME RADIATION DAMAGE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M KH2PO4, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→40 Å / Num. all: 39071 / Num. obs: 39041 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.128
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3590 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0057	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 44.709 / SU ML: 0.38 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1950	5 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.223	37061	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.564 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10392	0	180	95	10667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	10856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.4	1.983	14756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.254	5	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.318	25.583	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.371	15	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.655	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.32	1.5	6532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.635	2	10664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.877	3	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.616	4.5	4092

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 2598 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.04	0.05
2	C	tight positional	0.03	0.05
1	A	tight thermal	0.06	0.5
2	C	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	141	-
R_work	0.349	2687	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.547	-1.8285	-1.7672	3.1646	0.4938	3.8935	0.1144	0.7061	0.1737	-0.3194	-0.0112	0.1285	-0.1777	-0.4819	-0.1032	0.4083	-0.1583	-0.0002	0.2174	-0.0139	0.1934	-12.198	-55.28	-86.915
2	7.9791	2.0329	0.5106	6.3523	2.2065	5.448	0.1374	-0.4375	1.2487	0.3839	-0.0109	0.2152	-0.3522	0.5937	-0.1264	0.3627	-0.006	0.1535	0.255	-0.1751	0.4016	11.87	-50.77	-81.596
3	3.7017	1.4674	0.341	8.7331	-0.0389	4.3122	0.1723	-0.4227	-0.1879	0.4646	-0.1802	0.0386	0.1824	-0.437	0.008	0.2745	0.0111	0.0086	0.1721	-0.0674	0.1546	-9.602	-27.672	-53.112
4	7.6826	0.2644	-2.8507	6.5159	2.8771	7.5783	-0.2719	1.0224	-0.2595	-1.725	0.0036	-0.4182	-0.6947	-0.084	0.2682	0.8621	0.0106	0.1223	0.0782	0.0556	0.3576	0.036	-16.916	-73.592
5	6.166	-1.9966	1.2683	7.2331	-3.01	9.6031	-0.6348	-0.5366	0.1811	0.8667	1.2601	0.9218	-0.5237	-1.2614	-0.6252	0.8004	0.4859	0.3759	1.0869	0.1652	0.613	-6.731	-33.278	-13.171
6	7.7555	-2.1233	-0.1042	11.5288	-0.4977	6.9277	-0.4241	-0.5044	-0.0475	0.8072	0.4156	-1.0226	-0.458	0.5417	0.0085	1.0406	0.354	-0.0438	0.9491	-0.0205	0.3608	13.626	-44.822	-4.693
7	4.4551	-1.4783	-0.7847	9.2136	2.3163	5.5334	0.0138	-0.347	1.193	0.058	0.2575	-1.4815	-0.7765	0.3465	-0.2714	0.4326	0.0336	0.1357	0.5738	0.177	0.8273	25.65	-29.68	-42.303
8	9.9943	0.1453	-2.9599	8.5442	-0.9612	8.6068	-0.249	-1.0816	-0.4031	0.9725	0.0213	0.2973	0.306	-0.2265	0.2276	0.3912	0.1885	0.1478	0.5083	0.0145	0.303	18.491	-53.408	-40.156

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 194
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	195 - 327
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	195 - 327
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	195 - 327
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	195 - 327

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)