PDB-3fmw: The crystal structure of MtmOIV, a Baeyer-Villiger monooxygenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fmw

タイトル

The crystal structure of MtmOIV, a Baeyer-Villiger monooxygenase from the mithramycin biosynthetic pathway in Streptomyces argillaceus.

要素

Oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxygenase / mithramycin / Baeyer-Villiger / flavin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces argillaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Noinaj, N. / Beam, M.P. / Wang, C. / Rohr, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Baeyer-Villiger monooxygenase MtmOIV, the key enzyme of the mithramycin biosynthetic pathway .
著者: Beam, M.P. / Bosserman, M.A. / Noinaj, N. / Wehenkel, M. / Rohr, J.

履歴

登録	2008年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2qa1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k5r-2 6j0z-1 4k5s-1 4icy-1 6wuh-d 5kow-1 7835 4k2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxygenase

B: Oxygenase

C: Oxygenase

ヘテロ分子

186 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Oxygenase

ヘテロ分子

C: Oxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Oxygenase

ヘテロ分子

B: Oxygenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.265, 114.437, 138.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 14:79 OR RESSEQ 81:194 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 14:79 OR RESSEQ 81:194 OR RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 13:79 OR RESSEQ 81:194 OR RESSEQ...

#1: タンパク質	Oxygenase 分子量: 61263.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces argillaceus (バクテリア) 遺伝子: mtmOIV / プラスミド: pRSET-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q194P4
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Na-HEPES pH 7.5, 10%(v/w) PEG 6000 and 5%(v/v) MPD, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.887→42.563 Å / Num. obs: 48046

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.4_4	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QA1

2qa1

解像度: 2.89→29.68 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.57 / 位相誤差: 34.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	2422	5.11 %
R_work	0.235	-	-
obs	0.237	47393	95.4 %

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 73.51 Å² / k_sol: 0.25 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 119.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.914 Å²	-0 Å²	-22.214 Å²
2-	-	-12.814 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→29.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10174	0	167	18	10359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	14559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.513	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1683
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1910

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3159	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	3	C	3230	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.89-2.946	0.434	117	0.425	2121	X-RAY DIFFRACTION	78
2.946-3.01	0.426	138	0.407	2545	X-RAY DIFFRACTION	92
3.01-3.08	0.452	137	0.386	2562	X-RAY DIFFRACTION	92
3.08-3.157	0.451	141	0.369	2562	X-RAY DIFFRACTION	93
3.157-3.242	0.375	144	0.336	2573	X-RAY DIFFRACTION	94
3.242-3.338	0.351	141	0.294	2662	X-RAY DIFFRACTION	95
3.338-3.445	0.299	123	0.277	2691	X-RAY DIFFRACTION	97
3.445-3.568	0.309	133	0.241	2692	X-RAY DIFFRACTION	97
3.568-3.711	0.286	135	0.236	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
3.711-3.879	0.273	136	0.221	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.879-4.083	0.248	157	0.209	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
4.083-4.338	0.229	149	0.187	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
4.338-4.672	0.21	156	0.186	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
4.672-5.14	0.24	165	0.183	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
5.14-5.879	0.265	137	0.213	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
5.879-7.388	0.292	149	0.217	2770	X-RAY DIFFRACTION	99
7.388-29.684	0.205	164	0.197	2762	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3811	-1.1742	0.1419	1.2356	-0.1892	-0.0935	-0.4036	0.2776	0.1616	0.4841	0.6847	0.3891	-0.4294	0.2059	-0.1237	0.8991	0.3975	0.6333	0.6312	-0.1763	0.601	27.8732	-20.7386	40.6726
2	0.6769	-0.1755	-0.118	0.5763	-0.222	0.435	0.2931	0.4372	-0.3719	0.3274	-0.0144	0.6017	-0.0658	-0.1535	0.1138	-0.8469	-0.004	0.3256	0.3708	-0.0637	0.4868	32.0911	-29.1434	18.9003
3	1.4903	-0.535	-0.3607	0.3855	-0.2086	0.0276	-0.7046	0.232	0.232	0.6423	0.1821	0.015	-1.454	-0.0816	-1.5909	0.4103	0.664	0.6844	0.0803	-0.2486	-0.0205	27.2344	-14.4308	36.9179
4	-1.618	-0.4093	0.1682	1.2287	-0.5877	1.7246	0.2013	-0.7105	-0.5352	-0.128	0.9151	0.9267	0.7221	-0.7317	-0.9434	0.421	0.1073	-0.1368	0.7326	0.3207	1.4487	16.404	-15.3177	4.9732
5	-1.5516	-0.3255	0.7032	0.8483	-0.8287	0.6214	0.0877	-0.1769	-0.3708	0.0529	0.3771	0.8692	0.0736	-0.4995	-0.7386	0.1322	0.9545	-0.196	0.4599	0.4555	1.2337	14.2653	-9.2309	9.548
6	1.0581	-0.3355	-0.5271	2.4601	-0.4053	2.1812	-0.1929	0.0933	0.2173	0.6495	-0.0892	0.0293	-0.8361	-0.267	-0.0296	0.4046	0.0795	0.1745	0.3182	-0.059	0.4217	38.3754	-15.2521	32.1727
7	0.4347	-0.3628	-0.0197	0.186	0.0127	-0.0321	0.0262	0.3786	0.1174	-0.1299	-0.1527	-0.1875	-0.0488	0.1717	-0.2367	-1.3262	0.5114	0.9539	0.3223	-0.2593	-0.0179	39.1519	-15.51	5.5351
8	0.3802	-0.4968	-0.9839	-0.2219	-1.6572	1.1883	0.1023	0.2416	0.394	-0.1863	-0.5953	0.2591	-0.5082	0.2656	0.0594	0.8286	-0.1598	-0.2191	0.4313	-0.0831	0.4753	50.3793	-29.1995	26.7673
9	0.5382	-0.2311	-0.3487	1.2965	-0.3964	1.9217	-0.0378	-0.3105	-0.109	-0.0936	-0.4543	-0.0141	-0.5815	0.3167	0.2053	0.7661	-0.3014	-0.2452	0.7004	0.0985	0.627	52.8273	-35.3131	36.927
10	0.4144	0.177	0.3893	0.7888	0.5989	-0.4819	0.4414	0.1609	0.0533	0.0324	-0.4508	-0.221	0.7023	-0.1015	-0.1195	2.0625	0.3624	-0.2436	1.2491	-0.2356	0.5874	52.7866	-84.4193	27.27
11	0.3252	0.2468	0.3892	0.8845	0.703	-0.6317	0.3802	-0.188	0.2012	0.1683	-0.6018	0.125	1.2467	-0.0067	0.0259	2.1892	-0.2256	-0.3375	0.8182	-0.0545	0.761	44.1967	-76.588	47.6692
12	0.3656	0.3002	0.1226	0.3122	0.7387	0.1144	0.5834	0.2693	-0.57	0.3013	-0.3196	-0.0384	1.0001	-0.2066	-0.1631	2.3659	0.1521	-0.3574	0.7137	-0.2007	0.7716	54.892	-89.8452	31.3649
13	-0.1519	0.5259	0.3006	1.8922	1.6785	1.2662	0.2548	-0.3313	0.009	0.3084	0.2751	-0.0849	1.3903	-0.5279	-0.4443	2.7933	-0.7742	-0.4309	0.9249	0.108	0.8988	38.2994	-97.773	59.1297
14	0.0907	0.2226	0.2333	1.5466	1.4691	1.6654	0.2846	0.3088	-0.411	0.4162	0.4788	-0.0448	1.6251	0.0657	-0.5312	2.8912	-0.6615	-0.5545	0.7017	0.0724	0.9777	41.2864	-103.1859	53.5399
15	0.8005	0.0373	0.3865	0.8362	0.181	1.4108	0.3678	0.0953	-0.1696	0.6214	0.0898	-0.535	1.7765	-0.1886	-0.2148	2.0511	0.3518	-0.4577	0.8044	-0.1075	0.7751	61.3021	-82.899	38.8287
16	0.3412	0.1522	0.4674	0.6267	0.5924	-0.3728	0.3487	-0.0559	-0.064	0.5453	0.0879	0.1876	1.3259	-0.2114	-0.1205	2.1876	-0.1124	-0.4013	0.7234	-0.0501	0.6559	53.3344	-83.6384	64.4596
17	1.2749	1.3076	0.6132	0.5084	0.1945	5.0545	-0.1102	0.2578	0.1382	0.6998	-0.0117	-0.158	1.0482	0.972	0.0084	1.1049	0.0087	-0.244	1.0154	0.1921	0.8104	60.8421	-64.777	45.3384
18	-0.1056	0.4516	-0.2773	0.5288	-0.0439	3.4416	-0.3665	0.0946	0.3003	-0.1575	0.123	0.3246	0.3171	0.5388	0.1582	0.7237	0.026	0.0196	0.9241	0.1576	0.7984	61.5573	-57.8939	35.0493
19	0.6811	0.0812	-0.2309	2.2942	-0.0683	0.4468	1.1735	0.129	0.1728	1.1021	-0.3209	0.0444	0.0561	-0.0439	0.1361	1.029	-0.2847	0.3153	0.9078	-0.2389	0.4475	16.9738	-61.0954	34.1518
20	1.2185	-0.7774	-0.4475	3.0114	-0.2975	0.2131	0.463	0.1994	-0.0393	-0.6742	-0.2798	0.547	0.2887	-0.2996	0.0399	0.155	-0.1627	0.0198	0.5265	-0.3704	0.8184	10.9109	-65.8631	11.0679
21	0.9337	0.3252	-0.5556	2.2677	-0.1914	0.2218	-0.026	0.1297	0.1606	0.641	-0.2694	-0.1551	-0.0791	0.0267	0.1348	1.0773	-0.2477	0.0238	0.4932	-0.1558	0.5201	22.4127	-58.6866	30.3096
22	1.537	0.7195	0.0869	0.7902	1.0264	1.1065	-0.3172	0.4029	0.8853	-1.0907	0.1464	0.8334	-0.4923	-0.5997	0.1151	1.1403	-0.0721	-0.363	0.8312	0.0424	1.2529	19.6782	-46.1608	-0.7432
23	1.2747	0.9776	0.1746	0.731	0.7009	0.497	-0.4512	-0.1691	1.4111	-0.6495	0.2044	0.5285	-0.5792	0.2722	0.0306	1.1134	-0.2064	-0.3577	0.5731	0.001	1.2498	25.2469	-42.1301	4.8742
24	1.2074	0.7029	-0.1944	2.2347	-0.1966	0.3586	0.1484	0.0245	0.0645	0.9406	-0.3988	-0.21	-0.2131	0.1089	0.2598	0.5888	-0.3422	-0.0531	0.441	-0.0653	0.6207	25.2886	-68.9502	24.9392
25	0.9594	-0.9672	-0.5579	0.9071	0.423	0.3704	0.3409	-0.0646	0.1664	-0.1775	-0.2749	-0.0147	-0.3317	0.056	0.2551	-0.3374	0.3145	0.2675	0.4818	-0.24	0.5164	26.2686	-67.6823	-1.7094
26	-0.1678	0.0037	-0.8648	0.5298	-0.432	0.055	0.2013	-0.151	-0.515	0.6792	-0.0862	-0.1564	1.3073	-0.4272	-0.0519	0.8167	-0.502	-0.1941	0.9203	0.0284	0.8186	16.4735	-85.236	18.2396
27	0.1534	0.0287	-0.3313	0.4276	-0.3041	0.8445	0.0502	0.3427	-0.2373	0.2781	-0.0424	0.6695	1.3417	-0.3354	0.0978	1.8413	-0.7645	0.0154	1.1985	-0.0371	1.0713	10.1501	-90.1492	29.5383
28	0.0011	0.0591	0.0862	0.0415	-0.0083	-0.0745	-0.0816	-0.2191	0.1069	0.1388	0.0883	0.1967	-0.107	-0.0906	-0.0353	0.0207	0.4834	0.3989	0.6664	-0.2911	1.3715	25.2747	-15.6103	27.8968
29	-0.3716	0.2277	-0.0045	-0.1801	0.0708	0.4552	-0.1404	0.0052	-0.2076	-0.099	-0.2178	0.0024	0.0999	0.1029	0.0118	2.1301	-0.0258	-0.0882	0.6006	0.0487	0.9221	50.1088	-91.0025	39.2839
30	-0.2146	0.0952	-0.0532	0.2301	0.108	0.0329	0.0298	-0.1038	0.2897	0.545	-0.1816	-0.3728	0.0501	0.0201	-0.0239	0.882	-0.2822	-0.3947	0.7557	0.1404	1.3587	21.3545	-56.3125	21.5523

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 13:46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 47:101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 102:187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 188:214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 215:269
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 270:344
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resid 345:387
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resid 388:422
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resid 423:510
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 14:46
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 47:101
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resid 102:187
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resid 188:214
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resid 215:269
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resid 270:344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resid 345:387
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain B and resid 388:422
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain B and resid 423:511
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain C and resid 12:46
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain C and resid 47:101
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain C and resid 102:187
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain C and resid 188:214
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain C and resid 215:269
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain C and resid 270:344
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain C and resid 345:387
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain C and resid 388:422
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain C and resid 423:518
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain E
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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