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- PDB-3fmq: Crystal structure of an Encephalitozoon cuniculi methionine amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fmq
タイトルCrystal structure of an Encephalitozoon cuniculi methionine aminopeptidase type 2 with angiogenesis inhibitor fumagillin bound
要素Methionine aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE / METHIONINE AMINOPEPTIDASE TYPE2 / METAP2 / METAP2 FUMAGILLIN COMPLEX / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Aminopeptidase / Cobalt / Metal-binding / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FUMAGILLIN / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Alvarado, J.J. / Russell, M. / Zhang, A. / Adams, J. / Toro, R. / Burley, S.K. / Weiss, L.M. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2009
タイトル: Structure of a microsporidian methionine aminopeptidase type 2 complexed with fumagillin and TNP-470.
著者: Alvarado, J.J. / Nemkal, A. / Sauder, J.M. / Russell, M. / Akiyoshi, D.E. / Shi, W. / Almo, S.C. / Weiss, L.M.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年1月13日ID: 3CMK
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 2
B: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,49211
ポリマ－80,0592
非ポリマー1,4339
水4,089227
1
A: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7946
ポリマ－40,0291
非ポリマー7645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6985
ポリマ－40,0291
非ポリマー6684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.008, 94.238, 66.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2 / MetAP 2 / MAP-2 / Peptidase M 2


分子量: 40029.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
株: GB-M1 / 遺伝子: ECU10_0750, MAP2 / プラスミド: pBAC2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8SR45, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-FUG / FUMAGILLIN


分子量: 460.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H36O7 / コメント: 抗菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細FUMAGILLIN (FUG) FORMS A COVALENT BOND WITH HISTIDINE 109. IN BOTH FUMAGILLIN MOLECULES THAT ARE ...FUMAGILLIN (FUG) FORMS A COVALENT BOND WITH HISTIDINE 109. IN BOTH FUMAGILLIN MOLECULES THAT ARE PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT, THE FOLLOWING ATOMS ARE DISORDERED: C44, C45, C46, C47, C48, C49, C4A, O4B, O4C.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 27% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.5mM Fumagillin. Cryosolution: 30% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 10% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25402 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 9.444
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.592.80.29420760.58380.1
2.59-2.693.40.28224120.57792.8
2.69-2.8240.26425720.60298.9
2.82-2.964.70.21826190.589100
2.96-3.155.20.18625930.621100
3.15-3.395.20.14126080.718100
3.39-3.735.30.11126020.906100
3.73-4.275.20.08826121.06599.8
4.27-5.385.10.0826241.12999.7
5.38-505.20.10326841.199100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.4.0069位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3FM3

3fm3


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.152 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 8.98 / SU ML: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 1.181 / SU Rfree: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.18 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1286 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.176 25385 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.54 Å2 / Biso mean: 18.202 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-0.04 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5525 0 67 227 5819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9827722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0145714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36323.647255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13815964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0551543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.53532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00525705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6832165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8434.52009
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 85 -
Rwork0.224 1401 -
all-1486 -
obs--77.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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