PDB-3flv: The crystal structure of human acyl-CoenzymeA binding domain cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3flv

タイトル

The crystal structure of human acyl-CoenzymeA binding domain containing 5

要素

Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / acyl-coA binding / lipid binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Lipid-binding / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

autophagy of peroxisome / Peroxisomal lipid metabolism / Class I peroxisomal membrane protein import / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid catabolic process / peroxisomal membrane / peroxisome / membrane => GO:0016020 / lipid binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Roos, A. / Yue, W.W. / Shafqat, N. / Salah, E. / Savitsky, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human acyl-Coenzyme A binding domain containing 5
著者: Ugochukwu, E. / Roos, A. / Yue, W.W. / Shafqat, N. / Salah, E. / Savitsky, P. / Muniz, J.R.C. / von Delft, F. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3flv.cif.gz	59.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3flv.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3flv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3flv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hbkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1j9i-d 2gtj-d 3hqa-d 1r29-d 3hqb-d 1wx6-d 1d8z-d 6ew8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5

B: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5

ヘテロ分子

29.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.751, 34.064, 54.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.16, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	End label comp-ID
1	1	SER	A	A	3 - 1	22
2	1	SER	B	B	3 - 1	22
1	2	GLU	A	A	30 - 8	49 - 27	ARG
2	2	GLU	B	B	30 - 8	49 - 27	ARG

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Acyl-CoA-binding domain-containing protein 5 分子量: 13923.854 Da / 分子数: 2 / 断片: ACB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACBD5, KIAA1996 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q5T8D3
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Mg(ac)2; 0.1M cacodylate pH 6.5; 20% PEG 8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→28.78 Å / Num. obs: 25392 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 6153 / R_sym value: 0.539 / % possible all: 54.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0055	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HBK

1hbk

解像度: 1.7→28.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.277 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25926	1265	5 %	RANDOM
R_work	0.21212	-	-	-
all	0.21458	24120	-	-
obs	0.21458	24120	92.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.961 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	1.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1419	0	82	169	1670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	2.005	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3.006	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.773	5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.254	23.667	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.955	15	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.439	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.308	5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.885	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.882	7	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.271	9	645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.303	11	648

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	99	medium positional	0.23	0.5
2	2	337	medium positional	0.21	0.5
1	1	94	loose positional	0.77	5
2	2	410	loose positional	0.51	5
1	1	99	medium thermal	5.65	5
2	2	337	medium thermal	4.43	5
1	1	94	loose thermal	6.41	10
2	2	410	loose thermal	4.23	10

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	46	-
R_work	0.333	947	-
obs	-	-	49.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3841	0.1702	0.2884	2.9308	0.4956	2.7171	0.037	-0.0975	-0.075	0.0612	0.0032	-0.0061	0.1504	-0.1134	-0.0403	0.0876	0.0013	0.0106	0.0782	-0.0005	0.1173	34.1549	5.4918	9.5412
2	2.2589	-1.3117	1.0395	1.1167	-0.1824	0.9781	-0.0183	-0.2073	-0.2345	0.1606	0.0086	-0.1005	0.2501	0.1026	0.0098	0.1662	-0.0033	0.0086	0.1712	-0.0052	0.1558	41.2203	12.474	21.1438
3	0.9707	-0.6451	-0.8146	1.1109	0.5446	0.9319	0.0014	-0.1283	0.1254	0.1257	-0.014	0.0947	-0.1009	-0.1225	0.0126	0.1122	-0.007	-0.004	0.1133	0.0087	0.1215	27.6019	21.0879	14.6772
4	6.1133	-0.317	3.4595	0.9392	0.0051	2.2509	-0.0077	-0.1971	-0.0516	0.3848	-0.0104	-0.5436	0.0738	0.5049	0.0182	0.167	-0.001	0.0125	0.1596	-0.0004	0.1568	45.1015	11.5092	11.1138
5	1.6797	0.2375	0.49	1.1849	0.2302	1.7913	0.0093	-0.0429	0.0244	0.0643	0.0067	-0.0697	-0.0262	0.0475	-0.0159	0.2892	0.0056	0.0064	0.2904	0.0064	0.2928	-5.6309	31.769	19.8114
6	1.9581	-0.0909	0.74	1.6617	-0.2078	2.6413	-0.0114	0.2017	0.087	-0.2371	-0.0201	0.172	-0.1088	-0.1875	0.0316	0.1665	-0.0038	0.0135	0.1647	-0.0012	0.2019	6.9048	30.5224	17.6069
7	1.1949	0.728	0.2775	0.4435	0.169	0.0644	-0.0651	0.1607	-0.1013	-0.1058	0.0625	0.1279	0.1338	-0.14	0.0025	0.2067	0.0054	0.0003	0.2007	0.0011	0.206	11.3222	31.3119	10.5382
8	1.8279	0.5017	-0.8721	1.9808	-2.1766	5.2889	-0.023	-0.2571	-0.1334	0.2458	0.0079	0.0986	0.0875	-0.0607	0.0151	0.3061	0.0003	-0.0027	0.3081	-0.0047	0.3133	-0.3353	21.1916	24.5121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 18	22 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	19 - 34	38 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	35 - 81	54 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	82 - 93	101 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	5 - 19	24 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	23 - 47	42 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	49 - 83	68 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	84 - 90	103 - 109

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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