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- PDB-3fle: SE_1780 protein of unknown function from Staphylococcus epidermidis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fle
タイトルSE_1780 protein of unknown function from Staphylococcus epidermidis.
要素SE_1780 protein
キーワードstructural genomics / unknown function / APC61035.1 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF915, hydrolase-like / Alpha/beta hydrolase of unknown function (DUF915) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta hydrolase / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.009 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of SE_1780 protein of unknown function from Staphylococcus epidermidis.
著者: Osipiuk, J. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SE_1780 protein
B: SE_1780 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2882
ポリマ－57,2882
非ポリマー00
水8,071448
1
A: SE_1780 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6441
ポリマ－28,6441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SE_1780 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6441
ポリマ－28,6441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.722, 41.458, 153.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細a putative biological unit is a monomer based on PISA program

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要素

#1: タンパク質 SE_1780 protein


分子量: 28644.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_1780 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CRJ5, UniProt: A0A0H2VHE3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 1000, 0.1 M Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.488
反射解像度: 2.009→27 Å / Num. obs: 77366 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 2.279 / Net I/σ(I): 15.682
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1793 / Χ2: 0.967 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.009→26.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.834 / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Refinement was performed using twin law -h,-k,l and twin fraction 0.49. Unknown ligands were modeled as waters in chains X and Y. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 3810 5.33 %
Rwork0.181 --
all0.183 71468 -
obs0.183 71468 93.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.195 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.47 Å2 / Biso mean: 33.714 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.345 Å2-0 Å2-0.007 Å2
2---7.958 Å2-0 Å2
3---0.424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.009→26.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 0 448 4344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1125320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7421462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.009-2.0440.3141190.26825562675
2.044-2.0810.281600.26329773137
2.081-2.1210.2581770.26131443321
2.121-2.1640.3181730.25333033476
2.164-2.2110.3081740.24234743648
2.211-2.2630.3141600.24634283588
2.263-2.3190.281910.25135233714
2.319-2.3820.2592290.22834083637
2.382-2.4520.2781800.23135533733
2.452-2.5310.271800.22935473727
2.531-2.6220.2411740.21334653639
2.622-2.7270.2431950.20835253720
2.727-2.850.2432300.235323762
2.85-30.2422280.18635433771
3-3.1880.2141860.17535593745
3.188-3.4340.1741870.15734203607
3.434-3.7790.1611710.12634883659
3.779-4.3240.1441550.11134693624
4.324-5.440.1481450.11534153560
5.44-26.9980.2531990.19735263725

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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