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- PDB-3fix: Crystal structure of a putative n-acetyltransferase (ta0374) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fix
タイトルCrystal structure of a putative n-acetyltransferase (ta0374) from thermoplasma acidophilum
要素N-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / N-ACETYLTRANSFERASE / TERMOPLASMA ACIDOPHILUM / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sporulation / diamine N-acetyltransferase / diamine N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spermidine N(1)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the novel PaiA N-acetyltransferase from Thermoplasma acidophilum involved in the negative control of sporulation and degradative enzyme production.
著者: Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Zhang, Y. / Clancy, S. / Radhakrishnan, I. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2008年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLTRANSFERASE
B: N-ACETYLTRANSFERASE
C: N-ACETYLTRANSFERASE
D: N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0856
ポリマ－86,9614
非ポリマー1242
水70339
1
A: N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8022
ポリマ－21,7401
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7401
ポリマ－21,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8022
ポリマ－21,7401
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7401
ポリマ－21,7401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: N-ACETYLTRANSFERASE
B: N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5433
ポリマ－43,4812
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
C: N-ACETYLTRANSFERASE
D: N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5433
ポリマ－43,4812
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.229, 60.915, 72.116
Angle α, β, γ (deg.)101.19, 90.10, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA-5 - 15919 - 183
21TYRTYRCC-5 - 15919 - 183
12ILEILEBB3 - 15927 - 183
22ILEILEDD3 - 15927 - 183

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
N-ACETYLTRANSFERASE


分子量: 21740.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0374 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9HL57
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 10% (w/v) PEG 8000, 10% (w/v) ETHYLENE GLYCOL , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 30257 / Num. obs: 30257 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 67.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 21.946 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27555 1530 5.1 %RANDOM
Rwork0.22972 ---
obs0.23215 28727 97.15 %-
all-28727 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20.11 Å20.02 Å2
2---4.89 Å2-1.98 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5331 0 8 39 5378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.9777304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16639402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0435642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48624.146246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.604151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1921528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9541.53198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2361.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79325151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02632247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9154.52153
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2346TIGHT POSITIONAL0.020.05
1A2346TIGHT THERMAL0.10.5
2B2230TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B2230TIGHT THERMAL0.070.5
LS精密化 シェル解像度: 2.304→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 96 -
Rwork0.336 1983 -
obs--90.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8480.57060.53063.9811-0.18172.40330.0492-0.02850.111-0.2178-0.01930.0572-0.10380.1679-0.02990.0296-0.023-0.00760.042-0.00190.0541-9.3885-12.1738-5.6269
24.3035-1.5373-0.91854.76870.61753.039-0.1646-0.53090.2770.66670.3402-0.1915-0.10830.3213-0.17570.24960.0003-0.02370.1528-0.06230.03-23.9344-18.320524.908
32.6219-0.8199-0.39323.9836-0.24852.29570.01070.0538-0.13680.22090.00970.0540.12370.181-0.02040.02650.02080.00580.037-0.00370.0622-30.5428-48.30033.9133
44.47481.45640.84914.64240.85413.0581-0.17920.553-0.2954-0.59820.32-0.24260.08270.2932-0.14070.233-0.00620.01680.1464-0.06140.0303-44.9696-42.1676-26.6037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3C-5 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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