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- PDB-3fim: Crystal structure of aryl-alcohol-oxidase from Pleurotus eryingii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fim
タイトルCrystal structure of aryl-alcohol-oxidase from Pleurotus eryingii
要素Aryl-alcohol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / AAO / lignin degradation / Pleurotus eryngii / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


aryl-alcohol oxidase / aryl-alcohol oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Aryl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pleurotus eryngii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Fernandez, I.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Novel structural features in the GMC family of oxidoreductases revealed by the crystal structure of fungal aryl-alcohol oxidase
著者: Fernandez, I.S. / Ruiz-Duenas, F.J. / Santillana, E. / Ferreira, P. / Martinez, M.J. / Martinez, A.T. / Romero, A.
履歴
登録2008年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aryl-alcohol oxidase
B: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7592
ポリマ－60,9741
非ポリマー7861
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.226, 180.226, 160.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Aryl-alcohol oxidase


分子量: 60973.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus eryngii (菌類) / 遺伝子: aao / プラスミド: pFLAG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94219, aryl-alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris propane, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1610.85
シンクロトロンEMBL/DESY, Hamburg BW7A20.978
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2003年10月23日
MARRESEARCH2CCD2003年1月18日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.851
20.9781
反射解像度: 2.39→37.7 Å / Num. obs: 56141 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 35.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 2.39→37.7 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→20.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.365 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 2995 5.1 %RANDOM
Rwork0.17336 ---
obs0.17507 49123 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.04 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→20.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 53 225 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0224464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6931.9616117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4685564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12124.577201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25215644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5081525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2620.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0570.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4171.52956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18324565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.80431829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3354.51552
LS精密化 シェル解像度: 2.392→2.454 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 172 -
Rwork0.236 3783 -
obs--89.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.244 Å / Origin y: 67.828 Å / Origin z: -10.402 Å
111213212223313233
T-0.1767 Å2-0.0225 Å2-0.0593 Å2-0.0053 Å2-0.0036 Å2---0.155 Å2
L1.5361 °20.1731 °20.0986 °2-0.8837 °2-0.0883 °2--0.8675 °2
S-0.0157 Å °-0.096 Å °0.0558 Å °0.0075 Å °-0.0384 Å °0.0107 Å °0.0653 Å °-0.0075 Å °0.0541 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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