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- PDB-3fid: LpxR from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fid
タイトルLpxR from Salmonella typhimurium
要素Putative outer membrane protein (LpxR)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / lipopolysaccharide-modifying outer membrane enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Outer membrane protein / Lipid A deacylase LpxR / Putative outer membrane protein superfamily / Outer membrane protein LpxR / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / Outer membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, direct methodMULTI using P21212, P2 crystal / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rutten, L. / Gros, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Active-site architecture and catalytic mechanism of the lipid A deacylase LpxR of Salmonella typhimurium
著者: Rutten, L. / Mannie, J.-P.B.A. / Stead, C.M. / Raetz, C.R.H. / Reynolds, C.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Tommassen, J.P. / Egmond, M.R. / Trent, M.S. / Gros, P.
履歴
登録2008年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative outer membrane protein (LpxR)
B: Putative outer membrane protein (LpxR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,82523
ポリマ－64,8402
非ポリマー3,98521
水7,458414
1
A: Putative outer membrane protein (LpxR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,44512
ポリマ－32,4201
非ポリマー2,02511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Putative outer membrane protein (LpxR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,38011
ポリマ－32,4201
非ポリマー1,96010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.930, 127.650, 60.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative outer membrane protein (LpxR)


分子量: 32419.988 Da / 分子数: 2 / 断片: mature domain, UNP residues 24-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: strain LT2 / 遺伝子: lpxr / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZPT3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER


分子量: 378.544 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 14% PEG 6000 (w/v), 10% glycerol (v/v), 50mM Tris-HCl, 5mM zinc chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.74 Å / Num. all: 66242 / Num. obs: 66190 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 9516 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, direct methodMULTI using P21212, P2 crystal
解像度: 1.9→48.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.714 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22959 3357 5.1 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.19266 62825 99.99 %-
all-66190 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.925 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 187 414 5189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.9676516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.265590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.84323.947228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86615728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0981528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1850.211
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0610.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.891.53011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40724646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.37432124
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4324.51870
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 244 -
Rwork0.226 4577 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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