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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhw
タイトルCrystal structure of the protein priB from Bordetella parapertussis. Northeast Structural Genomics Consortium target BpR162.
要素Primosomal replication protein n
キーワードDNA BINDING PROTEIN / priB BpR162 X-RAY NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / DNA replication / DNA-binding / Primosome
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / single-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal replication protein PriB / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Primosomal replication protein N
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the protein priB from Bordetella parapertussis. Northeast Structural Genomics Consortium target BpR162.
著者: Kuzin, A.P. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal replication protein n
B: Primosomal replication protein n
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5716
ポリマ－25,3962
非ポリマー1754
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.330, 64.320, 75.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-118-

HOH

詳細dimer

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要素

#1: タンパク質 Primosomal replication protein n


分子量: 12698.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella parapertussis (パラ百日咳菌)
遺伝子: priB, BPP2467 / 参照: UniProt: P67675
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.5M NaCl, 0.1M NaH2PO4, 0.1M KH2PO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 41038 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnB位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→22.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.109 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Authors explanation on why Rfree/R are high at this resolution: The analyses of the Patterson function reveals a significant off-origin peak that is 56.98 % of the origin peak, indicating ...詳細: Authors explanation on why Rfree/R are high at this resolution: The analyses of the Patterson function reveals a significant off-origin peak that is 56.98 % of the origin peak, indicating pseudo translational symmetry. The chance of finding a peak of this or larger height by random in a structure without pseudo translational symmetry is equal to the 2.5284e-05. The detected tranlational NCS is most likely also responsible for the elevated intensity ratio. The results of the L-test indicate that the intensity statistics behave as expected. No twinning is suspected.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28875 1006 5.2 %RANDOM
Rwork0.27544 ---
obs0.27613 18375 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1494 0 10 121 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2582.0142064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7895202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.55222.85756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70715285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.981516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5711.5997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12521589
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3323532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7214.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 59 -
Rwork0.267 1042 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.1109 Å / Origin y: 14.653 Å / Origin z: 18.9432 Å
111213212223313233
T-0.0723 Å20.0017 Å20.0056 Å2--0.1525 Å2-0.0018 Å2---0.0343 Å2
L1.4752 °2-0.0024 °20.2561 °2-0.5986 °2-0.0285 °2--3.4684 °2
S0.0563 Å °0.0042 Å °0.1196 Å °0.0077 Å °-0.0172 Å °0.0001 Å °-0.132 Å °0.006 Å °-0.0391 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B118 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1A118 - 175
3X-RAY DIFFRACTION1B116 - 117
4X-RAY DIFFRACTION1A116 - 117
5X-RAY DIFFRACTION1B1 - 102
6X-RAY DIFFRACTION1A1 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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