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- PDB-3fho: Structure of S. pombe Dbp5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fho
タイトルStructure of S. pombe Dbp5
要素ATP-dependent RNA helicase dbp5
キーワードHYDROLASE / RNA helicase / mRNA export / ATPase / translation termination / ATP-binding / Helicase / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleotide-binding / Nucleus / Protein transport / RNA-binding / Translocation / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity ...poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase dbp5
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cheng, Z. / Song, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Solution and crystal structures of mRNA exporter Dbp5p and its interaction with nucleotides
著者: Fan, J.S. / Cheng, Z. / Zhang, J. / Noble, C. / Zhou, Z. / Song, H. / Yang, D.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase dbp5
B: ATP-dependent RNA helicase dbp5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1762
ポリマ－106,1762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.736, 144.044, 79.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLYSLYSAA141 - 317146 - 322
21GLNGLNLYSLYSBB141 - 317146 - 322
12GLUGLUTHRTHRAA320 - 483325 - 488
22GLUGLUPROPROBB320 - 481325 - 486

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase dbp5


分子量: 53087.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dbp5 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q09747, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
配列の詳細THE DEPOSITOR KNOWS THE SEQUENCE. THE DATABASE IS DBP5_SCHPO(Q09747) AND FIVE EXPRESSION TAGS, ...THE DEPOSITOR KNOWS THE SEQUENCE. THE DATABASE IS DBP5_SCHPO(Q09747) AND FIVE EXPRESSION TAGS, GPLGS, AT THE N-TERMINUS. BUT THEY COULD NOT ASSIGN THE RESIDUES (-4)-138. THE RESIUDES 12-16 IN CHAIN A AND 12-15 IN CHAIN B ARE CERTAINLY PART OF RESIDUES (-4)-138. BUT THEY DO NOT KNOW WHETHER THESE PART IS CORRECT DIRECTION. THE CORRECT SEQUENCE OF RESIDUES (-4)-138 IS, MET SER THR THR LEU GLY GLN GLU SER LYS THR ASP TRP ALA SER LEU ASP SER ASP GLU GLU VAL GLN ARG ILE SER ASP LYS VAL ASN GLN LEU ASN THR SER GLU ASN LYS ASN GLU ASP GLN LYS ALA THR ASN LEU SER ASP ARG LEU GLY PRO LYS ILE THR GLU ASN VAL ASP ALA LYS SER GLU GLN ASP LYS ALA THR ASN THR ILE ALA GLU ASP ALA ASN THR LYS GLN SER GLU ASN ASP GLU SER ASN LEU ILE PRO ASN LYS ASN GLU VAL ARG VAL LYS LEU ALA ASP LEU GLN ALA ASP PRO ASN SER PRO LEU PHE SER VAL LYS SER PHE GLU GLU LEU GLU LEU LYS PRO GLU LEU LEU LYS GLY ILE TYR SER MET LYS PHE GLN LYS PRO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris, 200mM Ca(Ac)2, 8.5-10% PEG4000, pH 8.0, EVAPORATION, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9725 Å
検出器日付: 2008年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.81 Å / Num. obs: 29528 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2902

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2j0s

2j0s


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 37.819 / SU ML: 0.346 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32703 1489 5 %RANDOM
Rwork0.28964 ---
obs0.29156 28004 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.82 Å2-0 Å2-0.5 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----8.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 0 0 4771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3591.9686471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2635588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.424.378217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.91915902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9651538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5151.53022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95424864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26631796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0334.51607
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1283TIGHT POSITIONAL0.030.05
11A1283TIGHT THERMAL0.060.5
22B1020TIGHT POSITIONAL0.010.05
22B1020TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 108 -
Rwork0.357 2025 -
obs-2025 99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.57371.3311-4.1261.1948-2.52835.7691-0.1453-1.2068-0.39220.09670.3447-0.66130.20141.3808-0.19940.18490.0916-0.07470.58580.03340.586163.19423.591725.2811
21.301-3.1134-0.14998.08072.48717.20740.4855-0.1161-0.33550.1833-0.0027-0.5750.0328-0.1911-0.48280.20560.1169-0.03430.48360.03990.430652.00153.182426.2884
31.85550.47740.55874.9117-0.68310.3440.0890.2206-0.1763-0.7708-0.0293-0.5233-0.96480.4999-0.05970.37680.13510.1090.4063-0.01790.40553.359711.394613.1843
41.83740.30040.75634.6727-0.977810.43490.0338-0.08670.19540.0808-0.0634-0.0927-2.8296-0.32540.02960.89450.22780.05230.3678-0.01620.349949.608421.015422.4449
516.76890.81166.43781.2216-1.49795.2410.16761.3687-1.4428-0.61221.2090.92531.6896-0.9398-1.37670.2205-0.1549-0.14540.34730.05650.265467.10215.237641.0055
67.5797-2.72051.54331.7340.63512.1806-0.23421.07750.45020.27040.4629-0.58520.01651.1534-0.22870.1954-0.14060.09510.63280.03850.639463.2528-3.063914.2755
70.52691.5959-0.7455.79960.958811.76020.3610.2380.4939-0.1818-0.0666-0.4159-0.03040.0173-0.29440.1308-0.21260.09280.46850.05810.531751.9879-2.577113.2784
82.223-0.1106-0.37585.21380.07079.85790.2059-0.31190.15380.9504-0.1017-0.56661.36980.5088-0.10420.5015-0.2118-0.0780.5024-0.00970.387354.1841-11.295126.2997
92.17290.0487-0.76464.7069-0.46179.95240.06760.0621-0.18360.1893-0.0542-0.0852.8891-0.4699-0.01340.9427-0.3761-0.02660.4409-0.0030.369149.2315-19.786418.4759
1013.8543-0.2437-8.85370.65670.396610.00550.3946-1.47131.42870.66461.15290.7003-0.9742-0.1829-1.54750.16890.13010.13690.32870.04390.232166.7837-15.1135-1.5554
111.8003-3.2734-0.02457.2009-2.95327.19430.25860.2063-0.164-0.389-0.3801-0.7161.35961.31990.12151.56641.1062-0.05251.7139-0.25340.934486.7017-35.8463-5.6675
123.2203-5.79255.297610.4194-9.52918.715-0.3275-0.38581.13320.0721-0.0482-0.63230.79781.11990.37581.66740.9389-0.00371.5605-0.36480.831487.4002-34.97986.4746
135.89361.52583.70475.3969-0.63128.6605-0.2552-0.46110.04250.60560.3771-0.1088-0.11360.1892-0.12191.4320.897-0.00141.2348-0.12280.59279.3688-27.66042.1086
146.5074-1.24231.99534.3573-2.12458.13060.31930.442-0.4267-0.25290.0476-0.18751.14040.7836-0.36691.39440.91930.00161.2259-0.13690.563678.825-32.6116-11.6066
157.7096-0.4484-8.0312.5601-3.347814.1091.1186-0.2063-0.6932-0.42460.3721-0.2150.65820.9777-1.49071.55420.6853-0.17171.2743-0.08390.472273.6585-30.5416-19.2601
160.56531.8673-0.3326.437-2.33525.90410.4932-0.02140.2205-0.1522-0.5416-0.874-1.38521.29870.04831.6921-1.00910.09111.8923-0.20790.856786.54836.278544.9377
176.24146.906-9.59657.6414-10.618414.75531.33070.8088-1.76510.6164-0.6283-0.6509-0.45411.6283-0.70241.798-1.2444-0.0031.8406-0.33871.005587.48435.535933.1021
185.5125-1.0778-3.14234.9577-0.58487.4319-0.21490.45320.0648-0.60990.4685-0.1489-0.14510.4336-0.25361.5674-0.98380.06491.3886-0.05770.636379.424828.23637.4664
192.99853.6048-5.798313.4923-0.37615.9604-0.04440.02240.5676-0.08350.1503-0.0164-0.22720.234-0.10591.3037-0.9638-0.03611.2311-0.05330.620273.5428.485347.5979
204.29981.0116-1.32491.9069-3.57466.78770.4475-0.34740.47990.58260.1313-0.2634-1.39910.9985-0.57881.5383-1.01830.07181.3308-0.16580.68378.287133.631455.2594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A139 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2A144 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3A153 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4A236 - 315
5X-RAY DIFFRACTION5A316 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6B139 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7B144 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8B153 - 217
9X-RAY DIFFRACTION9B228 - 315
10X-RAY DIFFRACTION10B316 - 320
11X-RAY DIFFRACTION11B325 - 370
12X-RAY DIFFRACTION12B371 - 390
13X-RAY DIFFRACTION13B391 - 440
14X-RAY DIFFRACTION14B441 - 470
15X-RAY DIFFRACTION15B471 - 481
16X-RAY DIFFRACTION16A325 - 370
17X-RAY DIFFRACTION17A371 - 390
18X-RAY DIFFRACTION18A391 - 440
19X-RAY DIFFRACTION19A441 - 446
20X-RAY DIFFRACTION20A447 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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