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万見
- PDB-3fgx: Structure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgx
タイトルStructure of uncharacterised protein rbstp2171 from bacillus stearothermophilus
要素RBSTP2171
キーワードstructural genomics / unknown function / BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性rbstp2171 / rbstp2171 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Uncharacterised Protein Rbstp2171 from Bacillus Stearothermophilus
著者: Minasov, G. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RBSTP2171
B: RBSTP2171


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0182
ポリマ－26,0182
非ポリマー00
水905
1
A: RBSTP2171


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0091
ポリマ－13,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RBSTP2171


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0091
ポリマ－13,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.099, 89.099, 31.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: A B)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 112 / Label seq-ID: 9 - 112

Component-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 RBSTP2171


分子量: 13008.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium salt, 2% PEG 400, 2.0 M Ammonium sulfate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→89.09 Å / Num. all: 5778 / Num. obs: 5778 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 25.96
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
Oモデル構築
REFMAC5.5.0051精密化
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 50.497 / SU ML: 0.39 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 262 4.6 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.256 5723 --
all-5723 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å20 Å2
2--1.61 Å20 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→89.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1538 0 0 5 1543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.9742097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96932697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7055188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.33224.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.18815293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7741512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3752956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0732382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66731542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5112607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9454555
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1312 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.010.05
TIGHT THERMAL0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 19 -
Rwork0.358 400 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2478-0.5479-3.24082.5535-0.48174.24130.3121-0.0914-0.08560.1103-0.24310.4574-0.315-0.1176-0.0690.2043-0.1141-0.00070.1146-0.02680.0921-12.8157-11.9748-2.2057
22.2962-0.9621-0.268610.3466-2.92693.7164-0.27270.1440.4127-0.09680.3472-0.0772-0.1319-0.3714-0.07450.1361-0.1206-0.0380.21170.0150.0811-32.5531-31.6421-10.4455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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