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- PDB-3fgq: Crystal structure of native human neuroserpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgq
タイトルCrystal structure of native human neuroserpin
要素Neuroserpin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / serpin / polymerization / dementia / tPA / inhibitor / Disease mutation / Glycoprotein / Protease inhibitor / Secreted / Serine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle lumen / peripheral nervous system development / central nervous system development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / secretory granule lumen / perikaryon / neuronal cell body / : / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Takehara, S. / Yang, X. / Mikami, B. / Onda, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The 2.1-A crystal structure of native neuroserpin reveals unique structural elements that contribute to conformational instability
著者: Takehara, S. / Onda, M. / Zhang, J. / Nishiyama, M. / Yang, X. / Mikami, B. / Lomas, D.A.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroserpin
B: Neuroserpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3904
ポリマ－90,2062
非ポリマー1842
水5,332296
1
A: Neuroserpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1952
ポリマ－45,1031
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neuroserpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1952
ポリマ－45,1031
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.017, 51.953, 80.316
Angle α, β, γ (deg.)90.09, 90.05, 97.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 22:353 or resseq 359:400 )
21chain B and (resseq 22:353 or resseq 359:400 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROALAALAAA22 - 35319 - 350
12ALAALAMETMETAA359 - 400356 - 397
21PROPROALAALABB22 - 35319 - 350
22ALAALAMETMETBB359 - 400356 - 397

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要素

#1: タンパク質 Neuroserpin / Serpin I1 / Protease inhibitor 12


分子量: 45103.039 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pQE81L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99574
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 4000, 20% iso-propanol, 0.1M sodium citrate buffer , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 41751 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 11147 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B3K

1b3k


解像度: 2.09→45.662 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.31 / SU R Cruickshank DPI: 10.04 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 2084 4.99 %RANDOM
Rwork0.1733 ---
obs0.176 41751 95.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.662 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 136.74 Å2 / Biso mean: 39.013 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.265 Å2-1.133 Å2-0.01 Å2
2--1.915 Å2-0.556 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→45.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5995 0 12 296 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3078331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4752273
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3028X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3028X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0896-2.13820.28931120.21842150X-RAY DIFFRACTION79
2.1382-2.19160.28171320.21162609X-RAY DIFFRACTION93
2.1916-2.25090.28881260.20032628X-RAY DIFFRACTION94
2.2509-2.31710.24051560.18282623X-RAY DIFFRACTION95
2.3171-2.39190.24771350.1792604X-RAY DIFFRACTION95
2.3919-2.47740.26761500.18132632X-RAY DIFFRACTION95
2.4774-2.57660.28191270.18612700X-RAY DIFFRACTION96
2.5766-2.69380.26211250.18372658X-RAY DIFFRACTION97
2.6938-2.83580.2681410.1962698X-RAY DIFFRACTION97
2.8358-3.01350.26831310.19652692X-RAY DIFFRACTION98
3.0135-3.24610.2341460.18472746X-RAY DIFFRACTION98
3.2461-3.57260.21451430.1622738X-RAY DIFFRACTION99
3.5726-4.08930.20341410.14272718X-RAY DIFFRACTION99
4.0893-5.1510.16421720.12882729X-RAY DIFFRACTION99
5.151-45.67330.17971470.15712742X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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