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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fg9 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of an universal stress protein UspA family protein from Lactobacillus plantarum WCFS1 | ||||||
要素 | protein of universal stress protein UspA family | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / APC60691 / universal stress protein UspA family / nucleotide-binding / Lactobacillus plantarum WCFS1 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Lactobacillus plantarum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of an universal stress protein UspA family protein from Lactobacillus plantarum WCFS1 著者: Tan, K. / Li, H. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fg9.cif.gz | 392.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fg9.ent.gz | 335.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fg9_validation.pdf.gz | 491.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fg9_full_validation.pdf.gz | 502.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fg9_validation.xml.gz | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fg9_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted that chains A and B, C and D, E and F form dimers respectively. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17504.408 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 株: WCFS1 / 遺伝子: Lactobacillus plantarum, lp_3663 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q88RY8, UniProt: F9ULL0*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M MgActate. 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→37.6 Å / Num. all: 149737 / Num. obs: 149737 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 46.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6828 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.47→37.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.301 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.385 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→37.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.471→1.509 Å / Total num. of bins used: 20
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