PDB-3fg8: Crystal structure of PAS domain of RHA05790

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fg8

タイトル

Crystal structure of PAS domain of RHA05790

要素

uncharacterized protein RHA05790

キーワード

structural genomics / unknown function / PAS domain / uncharacterized protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

: / PAS fold-4 / PAS fold / PAS fold-3 / PAS fold / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodococcus sp. RHA1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PAS domain of RHA05790
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fg8.cif.gz	166.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fg8.ent.gz	134.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3fg8_validation.pdf.gz	499.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fg8_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	3fg8_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	3fg8_validation.cif.gz	59 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4irg-d 1hey-d 4qrl-d 2pmc-3 4fa0-d 2a9o-d 2jb9-2 1mb3-d 1nxx-d 2zay-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7734

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC7734

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein RHA05790

B: uncharacterized protein RHA05790

C: uncharacterized protein RHA05790

D: uncharacterized protein RHA05790

E: uncharacterized protein RHA05790

F: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

80.9 kDa, 6 ポリマー
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1

A: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: uncharacterized protein RHA05790

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	149.695, 55.889, 101.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-547- HOH
2	1	F-748- HOH

詳細

monomer

#1: タンパク質	uncharacterized protein RHA05790 分子量: 13299.428 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. RHA1 (バクテリア) 株: strain RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro04714 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0S7I6
#2: 化合物	ChemComp-3PB / (3R)-3-(phosphonooxy)butanoic acid 分子量: 184.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris pH6.5, 28%PEG2KMME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射	モノクロメーター: Si(III) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 57672 / Num. obs: 57336 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 30.94
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 4.27 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.081 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22259	2907	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16796	-	-	-
obs	0.17074	54377	99.26 %	-
all	-	57284	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.18 Å²	0 Å²	-0.9 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4914	0	66	772	5752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	5728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.973	7826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.991	5	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.618	21.229	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.65	15	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.866	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.905	1.5	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.582	2	5654
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.519	3	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.068	4.5	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	182	-
R_work	0.205	4011	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.87	0.164	0.3728	1.6855	0.3703	0.8719	-0.0058	0.0819	0.0665	-0.1257	0.0088	-0.0649	-0.0445	0.0469	-0.003	0.0526	0.0084	0.0018	0.0074	-0.0004	0.0191	72.9736	11.9752	31.7645
2	2.5701	1.9777	1.2349	4.0999	0.5486	3.0264	0.0293	-0.163	-0.1408	0.1229	0.0543	-0.1353	0.0325	0.171	-0.0836	0.0557	0.0188	-0.0079	0.0571	0.0021	0.0608	78.0835	7.8938	41.4939
3	1.4802	0.1119	0.0465	1.856	-0.0555	2.1015	0.074	-0.008	0.2401	0.0796	-0.0812	-0.0185	-0.1631	-0.1591	0.0071	0.0432	0.0096	0.0069	0.0194	0.0115	0.0769	53.4937	29.1268	25.8805
4	3.3776	-0.4631	-0.4551	2.9463	-0.7582	3.5487	-0.0713	-0.044	0.1935	0.2477	-0.0446	-0.401	-0.3034	0.2168	0.116	0.0569	-0.021	-0.042	0.0142	0.0107	0.0995	64.4873	28.3193	29.0293
5	2.3616	0.472	0.2546	1.3726	0.0318	2.7576	0.0362	0.0744	0.1736	-0.0105	-0.0131	0.0112	-0.2412	0.1131	-0.0231	0.0408	-0.0099	0.0215	0.0106	-0.0061	0.0489	62.0864	1.3131	9.9311
6	5.0744	1.1555	1.2746	2.3445	1.2156	4.5698	-0.1997	0.0387	0.4128	-0.0424	0.1198	0.2167	-0.1402	-0.2599	0.0799	0.0262	0.0133	-0.0085	0.0365	0.0139	0.0757	50.7281	0.831	7.5773
7	1.9337	-0.1776	0.3969	0.9724	0.2934	1.6083	0.0066	0.0583	0.046	-0.0424	-0.0084	-0.1152	0.0388	0.1195	0.0018	0.0253	0.0072	0.0136	0.0291	-0.0069	0.025	32.2861	12.564	-4.685
8	3.5573	-0.4515	0.8801	1.732	-1.3053	3.4185	-0.1686	-0.3647	-0.218	0.0089	0.1447	-0.2171	0.1472	0.1516	0.0239	0.0516	0.0404	-0.0053	0.0916	-0.0042	0.0624	37.7885	8.7479	4.7001
9	2.5961	-0.1827	1.3666	1.9511	-0.5609	2.3518	0.1794	0.2377	-0.0537	-0.161	-0.188	-0.0838	0.2915	0.3912	0.0086	0.0555	0.0598	0.018	0.0984	0.0073	0.018	81.5465	-15.4287	16.441
10	4.5564	-0.5906	0.4775	2.1553	-1.1715	3.9637	0.0938	0.4601	-0.0284	-0.2708	-0.1286	0.1665	0.0961	0.3861	0.0348	0.0917	0.0452	0.0022	0.133	0.0176	0.0286	75.4868	-10.8368	7.971
11	2.0781	-0.0381	0.2842	0.7421	-0.0762	1.5913	0.1009	-0.0862	-0.1214	0.046	-0.0565	-0.0026	0.1662	-0.0231	-0.0444	0.0423	-0.0366	0.0005	0.0812	0.0162	0.0306	32.5503	13.8826	21.9193
12	8.7333	-1.5231	1.5309	3.1852	0.4511	2.2972	-0.0644	-0.5723	0.1591	0.1523	0.0458	-0.0406	-0.1441	-0.0371	0.0186	0.0475	-0.0452	0.0031	0.121	-0.008	0.0093	38.9935	18.9218	29.9817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	119 - 163
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	187 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	164 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	119 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	187 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	164 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	119 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	187 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	164 - 186
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	119 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	187 - 222
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	164 - 186
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	119 - 163
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	187 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	164 - 186
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	119 - 163
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	187 - 222
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	164 - 186

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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