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- PDB-3ffu: Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ffu
タイトルStructure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with GTP and magnesium
要素Probable pyrophosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix / RNA pyrophosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mutator MutT / : / MutY, C-terminal / NUDIX domain / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. ...Mutator MutT / : / MutY, C-terminal / NUDIX domain / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 8-oxo-dGTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and Biological Function of the RNA Pyrophosphohydrolase BdRppH from Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Liu, Q. / Celesnik, H. / Belasco, J.G. / Pineiro, S.A. / Amzel, L.M.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable pyrophosphohydrolase
B: Probable pyrophosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,46110
ポリマ－35,2692
非ポリマー1,1928
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.732, 68.749, 93.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable pyrophosphohydrolase


分子量: 17634.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
株: HD100 / 遺伝子: Bd0714, mutT / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6MPX4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, Na acetate, pH 7, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS4 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 11207 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.646 / Net I/σ(I): 31.443
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.93.80.71411191.53999.8
2.9-3.023.80.49611021.61499.8
3.02-3.153.80.36111101.59599.8
3.15-3.323.80.24211171.69999.7
3.32-3.533.80.14710981.80799.3
3.53-3.83.90.07711091.7398.9
3.8-4.183.80.05411181.81698.9
4.18-4.793.80.03611281.52398.3
4.79-6.033.80.03411421.50197.7
6.03-503.70.0311641.63993.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.8→33.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / WRfactor Rfree: 0.291 / WRfactor Rwork: 0.221 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.776 / SU B: 30.027 / SU ML: 0.306 / SU R Cruickshank DPI: 0.771 / SU Rfree: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.764 / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 547 4.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.229 11171 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.53 Å2 / Biso mean: 68.428 Å2 / Biso min: 45.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å20 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----4.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→33.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2165 0 70 18 2253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.993115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8285264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09124.128109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.48315397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9071513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21455
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.291
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1940.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3691.51358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71122101
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25931133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0634.51014
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 47 -
Rwork0.297 785 -
all-832 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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