PDB-3feu: Crystal Structure of DsbA-like thioredoxin domain VF_A0457 from V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3feu

タイトル

Crystal Structure of DsbA-like thioredoxin domain VF_A0457 from Vibrio fischeri

要素

putative Lipoprotein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Lipoprotein / unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio fischeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.758 Å

データ登録者

Kim, Y. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of DsbA-like thioredoxin domain VF_A0457 from Vibrio fischeri
著者: Kim, Y. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3feu.cif.gz	56.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3feu.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3feu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3feu_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3feu_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	3feu_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3feu_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5qlc-1 5ql4-1 5qmf-1 5qmr-2 5qns-2 5qn4-2 5qoa-2 1fvj-1 5qnx-2 5qmt-2 5qlt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61802.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative Lipoprotein

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.807, 55.737, 62.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	putative Lipoprotein 分子量: 20781.918 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-211 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal 6-His tag with TEV protease cleavage site 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: ES114 / 遺伝子: VF_A0457 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q5E0B9
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyehtlyene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→41.59 Å / Num. all: 17131 / Num. obs: 17131 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 768 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.4.0078	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.758→41.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 8.699 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	844	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
all	0.191	15926	-	-
obs	0.191	15926	97.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.758→41.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1414	0	1	170	1585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.947	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.981	3	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.521	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.436	25.926	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.029	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.519	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.277	1.5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.652	2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.655	3	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.058	4.5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.758→1.803 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	49	-
R_work	0.327	977	-
obs	-	1081	84.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.5185 Å / Origin y: 45.2287 Å / Origin z: 7.6555 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0122 Å²	0.0003 Å²	-0.016 Å²	-	0.0499 Å²	-0.0032 Å²	-	-	0.0491 Å²
L	0.3974 °²	0.2606 °²	-0.0343 °²	-	2.1479 °²	-1.21 °²	-	-	1.9805 °²
S	-0.0488 Å °	0.0533 Å °	-0.0814 Å °	0.159 Å °	-0.0027 Å °	-0.1748 Å °	-0.1678 Å °	0.0371 Å °	0.0515 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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