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- PDB-3fef: Crystal structure of putative glucosidase lplD from bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fef
タイトルCrystal structure of putative glucosidase lplD from bacillus subtilis
要素Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
キーワードHYDROLASE / lplD / gulosidase / structural genomics / UNKNOWN FUNCTION / Glycosidase / Manganese / Metal-binding / NAD / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


galacturonan 1,4-alpha-galacturonidase / galacturan 1,4-alpha-galacturonidase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LDH C-terminal domain-like / AglA-like glucosidase / Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / : / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal ...LDH C-terminal domain-like / AglA-like glucosidase / Glycoside hydrolase, family 4, conserved site / : / Glycosyl hydrolases family 4 signature. / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-galacturonidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Rajashankar, K.R. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative glucosidase lplD from bacillus subtilis.
著者: Ramagopal, U.A. / Rajashankar, K.R. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
B: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
C: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
D: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,86915
ポリマ－202,0994
非ポリマー77011
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area62390 Å2
手法PISA
2
A: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
C: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3867
ポリマ－101,0502
非ポリマー3375
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
3
B: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
D: Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4838
ポリマ－101,0502
非ポリマー4336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.987, 84.843, 86.051
Angle α, β, γ (deg.)69.800, 68.100, 64.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 7 - 440 / Label seq-ID: 3 - 436

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細unknown

-
要素

#1: タンパク質
Putative glucosidase lplD, ALPHA-GALACTURONIDASE


分子量: 50524.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU07130, lplD / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P39130, galacturonan 1,4-alpha-galacturonidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG 3350, 0.17M Ammonium Sulphate, 0.1M Magnesium Acetate, pH 7.0, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 90052 / Num. obs: 90052 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.171 / Net I/σ(I): 10.697
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 6125 / Rsym value: 0.175 / Χ2: 0.737 / % possible all: 63.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.265 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.85 / SU B: 5.156 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / SU Rfree: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 4505 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 90052 93.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.23 Å2 / Biso mean: 33.364 Å2 / Biso min: 12.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å21.17 Å21.02 Å2
2---0.73 Å20.64 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13534 0 39 535 14108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02213848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.95818784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52951734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09523.815650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.951152323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.40715111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.82528614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.819313858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64925234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.80434926
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1732MEDIUM POSITIONAL0.170.5
B1732MEDIUM POSITIONAL0.130.5
C1732MEDIUM POSITIONAL0.190.5
D1732MEDIUM POSITIONAL0.140.5
A1638LOOSE POSITIONAL0.35
B1638LOOSE POSITIONAL0.35
C1638LOOSE POSITIONAL0.345
D1638LOOSE POSITIONAL0.365
A1732MEDIUM THERMAL1.452
B1732MEDIUM THERMAL22
C1732MEDIUM THERMAL2.222
D1732MEDIUM THERMAL1.952
A1638LOOSE THERMAL1.5310
B1638LOOSE THERMAL1.9210
C1638LOOSE THERMAL2.0910
D1638LOOSE THERMAL1.810
LS精密化 シェル解像度: 2.197→2.254 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 174 -
Rwork0.178 3929 -
all-4103 -
obs--57.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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