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万見
- PDB-3fdc: Crystal Structure of Avidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdc
タイトルCrystal Structure of Avidin
要素Avidin
キーワードPROTEIN BINDING / beta barrel / Biotin / Glycoprotein / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Barker, K.D. / Sazinsky, M.H. / Eckermann, A.L. / Abajian, C. / Hartings, M.R. / Rosenzweig, A.C. / Meade, T.J.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2009
タイトル: Protein Binding and the Electronic Properties of Iron(II) Complexes: An Electrochemical and Optical Investigation of Outer Sphere Effects.
著者: Barker, K.D. / Eckermann, A.L. / Sazinsky, M.H. / Hartings, M.R. / Abajian, C. / Georganopoulou, D. / Ratner, M.A. / Rosenzweig, A.C. / Meade, T.J.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8714
ポリマ－28,7002
非ポリマー1,1712
水25214
1
A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子

A: Avidin
B: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7428
ポリマ－57,4004
非ポリマー2,3424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area9940 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.200, 74.200, 85.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Avidin


分子量: 14350.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701
#2: 化合物 ChemComp-BTF / iron(II) tetracyano-5-(2-Oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-6-yl)-pentanoic acid (4'-methyl-[2,2']bipyridinyl-4-ylmethyl)-amide


分子量: 585.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27FeN9O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細DISTANCE BETWEEN C16 AND C19 ATOMS OF BTF129 IS 1.85A FOR CHAIN B AND 1.81A FOR CHAIN A.
配列の詳細RESIDUE A ILE 56 AND RESIDUE A ASN 57 ARE NOT LINKED PROPERLY. DISTANCE OF C-N BOND IS 1.72A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 3000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.279 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.279 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 5233 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1LDO

1ldo


解像度: 3.1→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 --RANDOM
Rwork0.255 ---
obs-5233 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 118.17 Å2 / Biso mean: 64.302 Å2 / Biso min: 10.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 61 14 1923
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.27 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 92 -
Rwork0.424 --
obs-742 99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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