PDB-3fd3: Structure of the C-terminal domains of a LysR family protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fd3

タイトル

Structure of the C-terminal domains of a LysR family protein from Agrobacterium tumefaciens str. C58.

要素

chromosome replication initiation inhibitor protein

キーワード

transcription regulator / Agrobacterium tumefaciens / structural genomics / LysR / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Xu, X. / Zeng, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the C-terminal domains of a LysR family protein from Agrobacterium tumefaciens str. C58.
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Zeng, H. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fd3.cif.gz	67.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fd3.ent.gz	46.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3fd3_validation.pdf.gz	642.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fd3_full_validation.pdf.gz	643.5 KB	表示
XML形式データ	3fd3_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	3fd3_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4y0m-1 4y0m-2 1i69-d 3mz1-2 4y0m-6 5z7h-1 3mz1-1 2rkt-d 5z7h-2 3vvr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc7761

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chromosome replication initiation inhibitor protein

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chromosome replication initiation inhibitor protein

ヘテロ分子

A: chromosome replication initiation inhibitor protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.613, 53.613, 188.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	chromosome replication initiation inhibitor protein / Transcriptional regulator / LysR family 分子量: 22609.021 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 94-301 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_1691, Atu0928, oriC / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CJQ0

#1: タンパク質

chromosome replication initiation inhibitor protein / Transcriptional regulator / LysR family

分子量: 22609.021 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 94-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: AGR_C_1691, Atu0928, oriC / プラスミド: modified p11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CJQ0

-
非ポリマー , 5種, 240分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium citrate pH5.6, 0.1M ammonium acetate, 15% PEG 4000, 1/800 (w/w) endoproteinase Glu-C V8, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935,0.97948

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月7日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97935	1
2	0.97948	1

Reflection

冗長度: 14.8 % / Av σ(I) over netI: 51 / 数: 457468 / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.65 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30842 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.61	50	99.6	1	0.054	4.996	13.9
3.66	4.61	100	1	0.049	3.177	14.6
3.2	3.66	100	1	0.064	3.098	15
2.91	3.2	100	1	0.073	2.682	15.3
2.7	2.91	100	1	0.079	2.103	15.6
2.54	2.7	100	1	0.09	1.731	15.7
2.41	2.54	100	1	0.093	1.479	15.7
2.31	2.41	100	1	0.103	1.382	15.8
2.22	2.31	100	1	0.119	1.279	15.8
2.14	2.22	100	1	0.132	1.17	15.9
2.07	2.14	100	1	0.145	1.11	15.8
2.02	2.07	100	1	0.176	1.048	15.9
1.96	2.02	100	1	0.211	0.967	15.8
1.91	1.96	100	1	0.241	0.895	16
1.87	1.91	100	1	0.327	0.864	15.7
1.83	1.87	100	1	0.375	0.804	15.3
1.79	1.83	99.5	1	0.373	0.751	14.1
1.76	1.79	95.9	1	0.427	0.737	12.2
1.73	1.76	91.5	1	0.464	0.765	11
1.7	1.73	78.4	1	0.405	0.735	10.2

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 30842 / Num. obs: 30842 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.648 / Net I/σ(I): 51

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	10.2	0.405	1235	0.735	1	78.4
1.73-1.76	11	0.464	1369	0.765	1	91.5
1.76-1.79	12.2	0.427	1475	0.737	1	95.9
1.79-1.83	14.1	0.373	1505	0.751	1	99.5
1.83-1.87	15.3	0.375	1540	0.804	1	100
1.87-1.91	15.7	0.327	1552	0.864	1	100
1.91-1.96	16	0.241	1514	0.895	1	100
1.96-2.02	15.8	0.211	1536	0.967	1	100
2.02-2.07	15.9	0.176	1551	1.048	1	100
2.07-2.14	15.8	0.145	1561	1.11	1	100
2.14-2.22	15.9	0.132	1534	1.17	1	100
2.22-2.31	15.8	0.119	1556	1.279	1	100
2.31-2.41	15.8	0.103	1544	1.382	1	100
2.41-2.54	15.7	0.093	1583	1.479	1	100
2.54-2.7	15.7	0.09	1563	1.731	1	100
2.7-2.91	15.6	0.079	1581	2.103	1	100
2.91-3.2	15.3	0.073	1590	2.682	1	100
3.2-3.66	15	0.064	1611	3.098	1	100
3.66-4.61	14.6	0.049	1650	3.177	1	100
4.61-50	13.9	0.054	1792	4.996	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.359 / FOM acentric: 0.373 / FOM centric: 0.285 / 反射: 30738 / Reflection acentric: 25847 / Reflection centric: 4891

Phasing MAD set

最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	1.96	1	0.1	0.1	0	0	25847	4891
2	0.92	0.82	7.4	10.3	0.52	0.55	24446	4746

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
1	10.99-50	1.72	1	0.8	0.4	0	0	54	98
1	6.17-10.99	1.8	1	0.7	0.3	0	0	371	254
1	4.29-6.17	1.46	1	0.5	0.3	0	0	992	396
1	3.29-4.29	1.24	1	0.3	0.2	0	0	1915	553
1	2.67-3.29	1.64	1	0.2	0.1	0	0	3137	692
1	2.24-2.67	2.43	1	0.1	0	0	0	4677	833
1	1.93-2.24	4.66	1	0.1	0	0	0	6517	993
1	1.7-1.93	14.75	1	0	0	0	0	8184	1072
2	10.99-50	0.7	0.64	11.9	14.7	1.86	1.38	54	96
2	6.17-10.99	0.61	0.62	9.3	12.9	2.1	1.4	371	254
2	4.29-6.17	0.74	0.65	9.6	13.4	1.44	0.93	992	396
2	3.29-4.29	0.84	0.8	9.6	12.9	0.97	0.66	1915	553
2	2.67-3.29	0.91	0.79	7.5	10.8	0.77	0.56	3137	692
2	2.24-2.67	0.94	0.89	6.5	8.5	0.53	0.42	4676	833
2	1.93-2.24	0.98	0.95	6.8	9.1	0.29	0.23	6514	993
2	1.7-1.93	0.99	0.98	7.7	8.9	0.16	0.17	6787	929

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	56.45636	-0.674	-0.772	-0.075	0
2	Se	52.91705	-0.595	-1.046	-0.073	0
3	Se	61.49677	-0.778	-0.605	-0.085	0
4	Se	43.27951	-1.071	-0.534	-0.039	0
5	Se	78.55586	-0.44	-1.121	-0.053	0
6	Se	53.371	-0.769	-0.617	-0.048	0
7	Se	55.88602	-0.674	-0.772	-0.075	-0.156
8	Se	49.81	-0.595	-1.046	-0.073	-0.119
9	Se	59.34161	-0.777	-0.607	-0.085	-0.16
10	Se	43.1117	-1.071	-0.534	-0.039	-0.114
11	Se	78.64132	-0.439	-1.12	-0.053	-0.113
12	Se	31.347	-0.544	-1.059	-0.086	-0.004

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
10.99-50	0.62	0.792	0.525	152	54	98
6.17-10.99	0.752	0.849	0.61	625	371	254
4.29-6.17	0.703	0.77	0.535	1388	992	396
3.29-4.29	0.638	0.702	0.416	2468	1915	553
2.67-3.29	0.577	0.619	0.386	3829	3137	692
2.24-2.67	0.449	0.481	0.269	5510	4677	833
1.93-2.24	0.268	0.283	0.165	7510	6517	993
1.7-1.93	0.134	0.14	0.083	9256	8184	1072

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 30738

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.18-100	40.3	0.868	509
5.6-7.18	35.6	0.917	514
4.79-5.6	40	0.934	563
4.25-4.79	33.9	0.952	638
3.86-4.25	40.4	0.942	696
3.56-3.86	39.1	0.932	761
3.32-3.56	45.6	0.93	815
3.12-3.32	42.5	0.923	871
2.96-3.12	46.2	0.914	909
2.82-2.96	47.6	0.902	937
2.69-2.82	49.9	0.896	991
2.59-2.69	50.1	0.872	1052
2.49-2.59	53.1	0.867	1069
2.4-2.49	52.1	0.849	1105
2.33-2.4	57.1	0.844	1122
2.25-2.33	58.9	0.844	1185
2.19-2.25	61.5	0.82	1231
2.13-2.19	67.1	0.799	1235
2.08-2.13	66.4	0.788	1266
2.03-2.08	68.7	0.747	1309
1.98-2.03	70.2	0.742	1326
1.93-1.98	74	0.746	1373
1.89-1.93	73.9	0.72	1384
1.85-1.89	75.4	0.721	1411
1.82-1.85	78.1	0.691	1455
1.78-1.82	78.6	0.725	1448
1.75-1.78	81.1	0.701	1414
1.7-1.75	82.9	0.657	2149

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.123 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	1550	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.171	30737	-	-
obs	0.171	30737	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.77 Å² / B_iso mean: 26.747 Å² / B_iso min: 17.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1572	0	40	236	1848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	1.976	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3.005	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.874	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.188	22.338	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.793	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.629	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.76	1.5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.218	1.5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.389	2	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.234	3	688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.503	4.5	654

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	80	-
R_work	0.274	1767	-
all	-	1847	-
obs	-	-	81.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1326	-0.3423	0.5069	1.2435	-0.1748	2.4099	0.0175	-0.0535	0.0566	0.011	-0.0382	-0.0827	-0.0532	0.1446	0.0207	0.0148	-0.0112	-0.007	0.0709	0.0026	0.0106	25.2238	14.835	15.9164
2	1.2012	0.1066	0.4836	1.6913	0.6556	3.4801	0.0452	0.0673	-0.0809	0.0605	0.0608	-0.1669	0.4152	0.2653	-0.1061	0.1047	0.0654	-0.0196	0.0424	-0.0167	0.0223	24.5179	3.3905	-8.8982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	112 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	286 - 318
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 285

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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