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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fd2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mMsoI/DNA complex with calcium | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / Chloroplast / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() Monomastix sp. OKE-1 unidentified (未定義) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Monnat, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Generation of single-chain LAGLIDADG homing endonucleases from native homodimeric precursor proteins. 著者: Li, H. / Pellenz, S. / Ulge, U. / Stoddard, B.L. / Monnat, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1m5xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42024.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: fusion protein comprises residues 1-170 of I-MSOI, a linker of 33 residues (TGSGSGSKHPTLTLPTTTSQENLPNGSGSGSGT) and a 2nd I-MSOI (1-170 residues). 由来: (組換発現) ![]() 株: OKE-1 遺伝子: orf170, the chloroplast large subunit rDNA intron gene プラスミド: pET system / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C0JWR6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 7419.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the physiological DNA target site of I-MsoI in the chloroplast large subunit rDNA of Monomastix 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: DNA鎖 | 分子量: 7321.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the physiological DNA target site of I-MsoI in the chloroplast large subunit rDNA of Monomastix 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 33 RESIDUES OF LINKER (TGSGSGSKHP | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.3 詳細: 22% PEG 400, 100 mM Tris pH 7.3, 10 mM calcium chloride, 20 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 11073 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1M5X 解像度: 2.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU ML: 0.422 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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