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- PDB-3fd2: Crystal structure of mMsoI/DNA complex with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fd2
タイトルCrystal structure of mMsoI/DNA complex with calcium
要素
  • 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
  • Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / Chloroplast / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
類似検索 - 構成要素
生物種Monomastix sp. (植物)
Monomastix sp. OKE-1
unidentified (未定義)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Li, H. / Monnat, R.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Generation of single-chain LAGLIDADG homing endonucleases from native homodimeric precursor proteins.
著者: Li, H. / Pellenz, S. / Ulge, U. / Stoddard, B.L. / Monnat, R.J.
履歴
登録2008年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _struct_ref_seq.db_align_beg ..._entity.pdbx_description / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Site-specific DNA endonuclease I-MsoI
B: 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8475
ポリマ－56,7673
非ポリマー802
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.932, 41.933, 70.960
Angle α, β, γ (deg.)107.21, 95.43, 109.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Site-specific DNA endonuclease I-MsoI


分子量: 42024.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion protein comprises residues 1-170 of I-MSOI, a linker of 33 residues (TGSGSGSKHPTLTLPTTTSQENLPNGSGSGSGT) and a 2nd I-MSOI (1-170 residues).
由来: (組換発現) Monomastix sp. (strain OKE-1) (植物), (組換発現) Monomastix sp. OKE-1, unidentified
株: OKE-1
遺伝子: orf170, the chloroplast large subunit rDNA intron gene
プラスミド: pET system / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566
参照: UniProt: C0JWR6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 7419.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: the physiological DNA target site of I-MsoI in the chloroplast large subunit rDNA of Monomastix
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3'


分子量: 7321.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: the physiological DNA target site of I-MsoI in the chloroplast large subunit rDNA of Monomastix
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細33 RESIDUES OF LINKER (TGSGSGSKHPTLTLPTTTSQENLPNGSGSGSGT) INSERTED BETWEEN TWO I-MSOI PROTEINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.4 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.3
詳細: 22% PEG 400, 100 mM Tris pH 7.3, 10 mM calcium chloride, 20 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 11073 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M5X

1m5x


解像度: 2.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU ML: 0.422 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 546 4.8 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.215 10862 96.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å24.6 Å2-6.76 Å2
2--1.75 Å2-3.57 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2720 978 2 35 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 37 -
Rwork0.294 749 -
obs--90.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8289-0.04763.13881.616-1.604516.9580.2676-0.0824-0.27250.01340.2930.1840.1332-0.2923-0.5606-0.23-0.02790.0697-0.2531-0.01560.080316.300713.7601-7.5468
24.0403-1.18614.82171.8423-1.733718.44471.1348-0.6091-0.8251-0.37180.58430.53922.7998-2.0788-1.71910.0243-0.5052-0.2767-0.26440.25190.145711.48526.2318-8.4028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 178
2X-RAY DIFFRACTION1A207 - 367
3X-RAY DIFFRACTION2B501 - 524
4X-RAY DIFFRACTION2C551 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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