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- PDB-3fbq: The crystal structure of the conserved domain protein from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fbq
タイトルThe crystal structure of the conserved domain protein from Bacillus anthracis
要素Conserved domain protein
キーワードstructural genomics / unknown function / conserved domain protein / Bacillus anthracis / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillus anthracis domain / Conserved domain protein. / Domain of unknown function DUF4179 / Domain of unknown function DUF5643 / Domain of unknown function (DUF4179) / Family of unknown function (DUF5643) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Conserved domain protein / Conserved domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Zhang, R. / Joachimiak, G. / Kim, Y. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the conserved domain protein from Bacillus anthracis
著者: Zhang, R. / Joachimiak, G. / Kim, Y. / Gornicki, P. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5921
ポリマ－32,5921
非ポリマー00
水48627
1
A: Conserved domain protein

A: Conserved domain protein

A: Conserved domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7753
ポリマ－97,7753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.406, 101.406, 101.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
詳細This protein existed as trimer. The second and third part of the biological are genarated by the three fold axis: z,x,y and y,z,x

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要素

#1: タンパク質 Conserved domain protein


分子量: 32591.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: str. Sterne / 遺伝子: BAS1627, BA_1754, GBAA1754, GI:49178568 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81SB1, UniProt: A0A6L8PDV7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris and 0.2M Li2SO4, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 2.7→71.8 Å / Num. all: 9267 / Num. obs: 9226 / % possible obs: 99.56 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 21.45
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 696 / % possible all: 97.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.71→71.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 29.511 / SU ML: 0.28 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.79 / ESU R Free: 0.385
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28285 465 4.8 %RANDOM
Rwork0.20584 ---
obs0.20952 9226 99.56 %-
all-9267 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.118 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→71.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2222 0 0 27 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5561.9553035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.8775281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.78825.429105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.84415428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4041511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9531.51393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81822250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9063864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8224.5785
LS精密化 シェル解像度: 2.707→2.777 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 36 -
Rwork0.257 642 -
obs-678 97.41 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.579 Å / Origin y: -0.317 Å / Origin z: 26.542 Å
111213212223313233
T0.209 Å20.0539 Å2-0.0015 Å2-0.1039 Å20.0291 Å2--0.0707 Å2
L0.8247 °2-0.375 °2-0.1159 °2-1.2852 °2-0.7066 °2--1.3958 °2
S-0.0006 Å °-0.0783 Å °0.056 Å °-0.1088 Å °-0.0617 Å °-0.0536 Å °0.313 Å °0.1214 Å °0.0623 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1A51 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1A101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION1A151 - 200
5X-RAY DIFFRACTION1A201 - 250
6X-RAY DIFFRACTION1A256 - 279
7X-RAY DIFFRACTION1A280 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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