[日本語] English
万見
- PDB-3fbm: D431N Mutant VP2 Protein of Infectious Bursal Disease Virus; Deri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fbm
タイトルD431N Mutant VP2 Protein of Infectious Bursal Disease Virus; Derived T=1 Particles
要素Polyprotein
キーワードVIRUS / capsid protein / autoproteolytic activity / capsid maturation / virus assembly / IBDV
機能・相同性
機能・相同性情報


T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...icosahedral virus / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Avian Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Irigoyen, N. / Garriga, D. / Navarro, A. / Verdaguer, N. / Rodriguez, J.F. / Caston, J.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Autoproteolytic Activity Derived from the Infectious Bursal Disease Virus Capsid Protein
著者: Irigoyen, N. / Garriga, D. / Navarro, A. / Verdaguer, N. / Rodriguez, J.F. / Caston, J.R.
履歴
登録2008年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5112
ポリマ－48,4711
非ポリマー401
水00
1
A: Polyprotein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,910,645120
ポリマ－2,908,24160
非ポリマー2,40560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Polyprotein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 243 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,55410
ポリマ－242,3535
非ポリマー2005
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Polyprotein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 291 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,06512
ポリマ－290,8246
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Polyprotein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.91 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,910,645120
ポリマ－2,908,24160
非ポリマー2,40560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)326.725, 326.725, 326.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.87622, 0.21497, 0.43131), (0.31192, 0.42925, -0.84761), (-0.36735, 0.87723, 0.30906)-45.71324, 96.78391, 16.06804
3generate(0.8866, -0.02695, -0.46175), (-0.42026, -0.4639, -0.77985), (-0.19319, 0.88548, -0.42262)52.52343, 232.55489, 64.07681
4generate(0.67518, 0.65961, 0.33022), (0.71941, -0.48988, -0.49241), (-0.16303, 0.57003, -0.80529)-58.18129, 110.45954, 122.5597
5generate(0.25627, 0.93697, -0.2375), (-0.04141, -0.23484, -0.97115), (-0.96572, 0.25871, -0.02138)3.94061, 195.4626, 150.46658
6generate(0.8839, -0.42591, -0.19318), (-0.02802, -0.46055, 0.88719), (-0.46683, -0.77878, -0.41902)63.85094, 52.25726, 232.38937
7generate(-0.49468, 0.71484, -0.49426), (-0.80209, -0.15659, 0.5763), (0.33457, 0.68153, 0.65084)110.9015, 120.3618, -57.57063
8generate(0.32525, -0.75802, -0.56535), (-0.7585, -0.56615, 0.32271), (-0.5647, 0.32386, -0.7591)174.02548, 174.41431, 175.11038
9generate(-0.12043, 0.25779, -0.95867), (-0.64511, -0.75432, -0.1218), (-0.75454, 0.60378, 0.25715)158.98862, 219.99136, 78.01762
10generate(0.67639, 0.71767, -0.16567), (0.65911, -0.48939, 0.57103), (0.32873, -0.49544, -0.80404)-19.94399, 22.64768, 172.35469
11generate(0.43232, 0.87633, 0.21249), (-0.84691, 0.3137, 0.42934), (0.30958, -0.36557, 0.87779)-45.56898, 96.2681, 15.41064
12generate(0.93841, -0.22585, 0.26149), (-0.22576, -0.9737, -0.03077), (0.26156, -0.03016, -0.96472)2.08566, 194.51923, 151.77153
13generate(0.26395, -0.75357, 0.60204), (-0.95741, -0.12894, 0.25835), (-0.11705, -0.64459, -0.75551)77.37345, 159.18491, 220.26677
14generate(0.65492, 0.33331, 0.67822), (-0.49008, -0.49583, 0.71692), (0.57524, -0.8019, -0.16138)-58.5604, 110.40802, 121.60214
15generate(0.57274, 0.65511, -0.49275), (-0.80355, 0.32982, -0.4955), (-0.16209, 0.67974, 0.71532)23.15263, 171.88333, -20.2317
16generate(0.60302, 0.2563, -0.75543), (0.26162, -0.95815, -0.11624), (-0.7536, -0.12754, -0.64484)78.2212, 158.24312, 220.5239
17generate(0.87719, 0.30831, -0.36808), (0.21552, 0.4322, 0.87564), (0.42905, -0.84743, 0.31268)15.93252, -45.68928, 96.54683
18generate(-0.48402, 0.59026, 0.646), (-0.49944, -0.79253, 0.34993), (0.71853, -0.15327, 0.6784)22.43086, 168.6143, -20.70592
19generate(-0.46261, 0.88607, -0.02954), (-0.77796, -0.4217, -0.46578), (-0.42517, -0.19249, 0.88441)52.84395, 232.87601, 63.7467
20generate(-0.22663, 0.2618, 0.93814), (-0.97358, -0.03318, -0.22593), (-0.02802, -0.96455, 0.26241)2.05592, 194.76619, 151.1425

-
要素

#1: タンパク質 Polyprotein / VP2 capsid protein


分子量: 48470.676 Da / 分子数: 1 / 変異: D431N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Avian Infectious bursal disease virus (ウイルス)
株: SOROA / 遺伝子: CAPSID PROTEIN VP2 / プラスミド: PESC-URA / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): YPH499 / 参照: UniProt: Q9WI42, UniProt: P61825*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 14-17% PEG 4000, 0.1M TRIS pH 9.0, 5% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 208686 / Num. obs: 206393 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC(Rigid Body)精密化
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC(Rigid Body)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GSY

2gsy


解像度: 3.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 16641454.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 10000 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 9151 4.9 %RANDOM
Rwork0.294 ---
all0.301 189714 --
obs0.294 187105 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.265255 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.51 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3209 0 1 0 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.992.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 1238 4.7 %
Rwork0.346 25012 -
obs--76.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る