PDB-3fa3: Crystal structure of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isoci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fa3

タイトル

Crystal structure of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isocitrate lyase superfamily member, trigonal crystal form

要素

2,3-dimethylmalate lyase

キーワード

LYASE / alpha/beta barrel / HELIX SWAPPING

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Narayanan, B.C. / Herzberg, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of 2,3-dimethylmalate lyase, a PEP mutase/isocitrate lyase superfamily member.
著者: Narayanan, B. / Niu, W. / Joosten, H.J. / Li, Z. / Kuipers, R.K. / Schaap, P.J. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.

履歴

登録	2008年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fa3.cif.gz	860.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fa3.ent.gz	710.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fa3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fa3_validation.pdf.gz	603.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fa3_full_validation.pdf.gz	752.3 KB	表示
XML形式データ	3fa3_validation.xml.gz	180.1 KB	表示
CIF形式データ	3fa3_validation.cif.gz	243.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/3fa3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fa4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fa4-2 3fa4-1 3m0j-1 3eoo-2 1mum-1 4iqe-2 1oqf-1 1xg3-d 3eoo-4 1zlp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-dimethylmalate lyase

B: 2,3-dimethylmalate lyase

C: 2,3-dimethylmalate lyase

D: 2,3-dimethylmalate lyase

E: 2,3-dimethylmalate lyase

F: 2,3-dimethylmalate lyase

G: 2,3-dimethylmalate lyase

H: 2,3-dimethylmalate lyase

I: 2,3-dimethylmalate lyase

J: 2,3-dimethylmalate lyase

K: 2,3-dimethylmalate lyase

L: 2,3-dimethylmalate lyase

M: 2,3-dimethylmalate lyase

N: 2,3-dimethylmalate lyase

O: 2,3-dimethylmalate lyase

P: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

516 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-dimethylmalate lyase

B: 2,3-dimethylmalate lyase

C: 2,3-dimethylmalate lyase

D: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 2,3-dimethylmalate lyase

F: 2,3-dimethylmalate lyase

G: 2,3-dimethylmalate lyase

H: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: 2,3-dimethylmalate lyase

J: 2,3-dimethylmalate lyase

K: 2,3-dimethylmalate lyase

L: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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4

M: 2,3-dimethylmalate lyase

N: 2,3-dimethylmalate lyase

O: 2,3-dimethylmalate lyase

P: 2,3-dimethylmalate lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	160.570, 160.570, 161.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	2,3-dimethylmalate lyase 分子量: 32020.477 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: An07g08390 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2L887, EC: 4.1.3.32
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-OAF / 2,2-difluoro-3,3-dihydroxybutanedioic acid 分子量: 186.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄F₂O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 135034 / Num. obs: 135034 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 9535 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 28.895 / SU ML: 0.285 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	6752	5 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.193	135026	94.3 %	-
all	-	135034	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	-0.08 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35442	0	214	704	36360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	36143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.145	1.967	48956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.728	5	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.109	23.298	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.25	15	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.627	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	27306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	19859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	24867
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.653	1.5	24297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.872	2	37685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	3	13108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.343	4.5	11271

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	459	-
R_work	0.298	9058	-
obs	-	9058	90.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4244	0.088	0.1416	1.1149	-0.1336	0.9551	-0.0773	-0.0799	-0.1994	0.0322	0.0728	-0.0663	0.154	0.0055	0.0046	-0.0647	0.0242	0.0381	-0.1857	-0.0002	-0.2182	-11.452	-26.462	0.77
2	0.9589	-0.0585	0.076	1.0139	-0.0849	1.1047	-0.0194	0.251	-0.1411	-0.2333	0.0186	0.0562	0.2547	-0.1307	0.0007	0.0061	-0.0936	0.0116	-0.0598	-0.0454	-0.1878	-27.29	-27.139	-24.704
3	1.4639	0.2803	-0.1015	0.9328	-0.0563	0.6934	-0.0575	-0.0257	0.1508	0.0611	0.0722	0.0477	-0.067	-0.1095	-0.0147	-0.0809	0.0438	0.0183	-0.1639	0.0025	-0.1957	-31.255	3.254	-3.397
4	1.2764	-0.1804	-0.3556	1.0071	-0.0427	0.8187	-0.057	0.1631	0.1961	-0.1384	0.0544	-0.0628	-0.0136	-0.0146	0.0026	-0.0795	-0.0161	0.0584	-0.1857	0.0016	-0.1652	-7.831	2.864	-22.064
5	1.6025	0.0915	0.0146	0.8986	0.1218	1.0644	-0.0979	-0.1445	0.1825	0.0472	0.0856	0.0809	-0.1987	-0.0271	0.0123	-0.0677	0.0222	-0.0298	-0.1844	-0.0028	-0.2306	11.315	-66.278	0.821
6	1.1411	-0.1937	-0.2887	0.9798	0.0944	1.085	-0.0485	0.2315	0.1405	-0.2614	0.0349	-0.0454	-0.2329	0.1443	0.0136	-0.009	-0.0959	-0.028	-0.0556	0.0484	-0.1881	27.248	-65.566	-24.701
7	1.2065	0.0208	0.0588	1.046	0.0965	0.6916	-0.0646	-0.0818	-0.1538	0.0571	0.0844	-0.0562	0.0688	0.1066	-0.0198	-0.1024	0.0357	-0.0155	-0.1504	-0.0127	-0.2062	31.239	-95.935	-3.392
8	0.8294	-0.0898	0.3092	1.0518	-0.0716	0.9113	-0.0318	0.1788	-0.1605	-0.1425	0.0341	0.0883	0.0416	0.042	-0.0023	-0.0803	-0.0237	-0.0601	-0.1707	-0.0005	-0.1785	7.808	-95.614	-22.011
9	1.1273	-0.4902	-0.0263	0.8822	-0.0548	1.0056	0.0028	-0.0043	-0.2693	-0.1446	0.0792	0.1028	0.0319	-0.043	-0.082	-0.0256	0.1229	0.0372	0.0286	0.1589	0.0169	-33.708	-64.215	30.781
10	0.9648	-0.2682	0.1033	1.471	-0.0272	0.7316	-0.106	-0.4286	0.0983	0.1962	0.1706	-0.0961	-0.083	0.0196	-0.0647	-0.0066	0.1778	0.0685	0.2174	0.0603	-0.0435	-21.871	-43.616	50.094
11	1.7307	-0.3625	-0.1204	1.5174	-0.0955	1.3729	0.1107	-0.0063	-0.0224	-0.1728	-0.0273	0.034	-0.101	-0.1696	-0.0835	0.0231	0.1779	0.0795	0.0297	0.1221	-0.1351	-49.633	-32.173	27.514
12	1.2096	-0.4141	-0.0086	1.2864	-0.0403	0.9376	-0.2133	-0.5035	-0.2204	0.1861	0.2617	0.2961	-0.0062	-0.2112	-0.0484	0.0413	0.2233	0.1696	0.4024	0.2729	0.0283	-57.464	-45.534	53.154
13	0.9056	0.2218	-0.0599	1.5736	-0.1676	0.9038	-0.0086	0.1595	-0.0315	0.0222	0.0835	0.2628	0.0011	-0.038	-0.0749	0.1419	-0.0393	0.1596	-0.1162	0.0212	0.0054	-72.408	-95.61	-23.077
14	1.1582	0.2142	0.0421	1.2611	-0.1455	0.7991	-0.0173	-0.1091	-0.0806	0.4654	0.0714	-0.1381	-0.0439	0.0687	-0.0541	0.3235	0.0122	0.074	-0.1117	-0.014	-0.0356	-48.685	-95.561	-3.7
15	1.2832	-0.0392	-0.4733	2.1917	0.1031	1.2803	-0.0909	0.0724	0.0712	-0.0599	0.1798	0.0362	-0.1939	0.0081	-0.0889	0.1566	-0.0886	0.1373	-0.1094	0.0042	-0.1386	-52.743	-65.78	-26.263
16	1.152	0.2768	-0.2621	1.817	0.0096	1.0159	-0.0542	-0.0788	0.1613	0.6112	0.1061	0.3799	-0.1293	-0.0822	-0.0519	0.4825	0.058	0.2958	-0.0779	-0.0087	0.0023	-68.194	-65.7	-0.637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 302
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	3 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 302
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 301
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	3 - 302
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 301
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	3 - 302
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 302
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	3 - 302

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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