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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f8l
タイトルCrystal Structure of the Effector Domain of PhnF from Mycobacterium smegmatis
要素HTH-type transcriptional repressor phnF
キーワードTRANSCRIPTION / PhnF / GntR / HutC / regulator / UTRA / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. ...UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional repressor PhnF
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Busby, J.N. / Gebhard, S. / Cook, G.M. / Baker, E.N. / Lott, S.J. / Money, V.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PhnF, a GntR-family transcription regulator in Mycobacterium smegmatis
著者: Busby, J.N. / Gebhard, S. / Cook, G.M. / Baker, E.N. / Lott, S.J. / Money, V.A.
履歴
登録2008年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional repressor phnF
B: HTH-type transcriptional repressor phnF
C: HTH-type transcriptional repressor phnF
D: HTH-type transcriptional repressor phnF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,75716
ポリマ－88,6124
非ポリマー1,14512
水11,367631
1
A: HTH-type transcriptional repressor phnF
C: HTH-type transcriptional repressor phnF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9709
ポリマ－44,3062
非ポリマー6657
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-97.7 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
2
B: HTH-type transcriptional repressor phnF
D: HTH-type transcriptional repressor phnF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7867
ポリマ－44,3062
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-95.8 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.558, 78.172, 120.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Label seq-ID: 1 - 162

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1AA77 - 238
2BB76 - 245

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional repressor phnF


分子量: 22152.977 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 82-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: Mc2155 / 遺伝子: MSMEG_0650, phnF / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QQ72
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 631 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 % / Mosaicity: 0.565 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Micro-seeded into 0.65M ammonium sulfate, 0.1M lithium sulfate, 0.1M tris, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月4日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25.28 Å / Num. all: 68334 / Num. obs: 68334 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 9909 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.3データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P19

2p19


解像度: 1.9→25.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.901 / SU B: 2.381 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / SU Rfree: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 3456 5.1 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
all-68333 --
obs-64877 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.52 Å2 / Biso mean: 30.244 Å2 / Biso min: 4.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20.78 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4967 0 62 631 5660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.9857015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06721.93228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95115845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2391568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.53260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.625224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52231897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0154.51782
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1205 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.320.5
2BMEDIUM THERMAL1.622
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 259 -
Rwork0.255 4751 -
all-5010 -
obs-4751 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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