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万見
- PDB-3f7z: X-ray Co-Crystal Structure of Glycogen Synthase Kinase 3beta in C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7z
タイトルX-ray Co-Crystal Structure of Glycogen Synthase Kinase 3beta in Complex with an Inhibitor
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / enzyme / protein kinase / inhibitor co-crystal structure / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / NF-kappaB binding / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / hippocampus development / positive regulation of protein ubiquitination / excitatory postsynaptic potential / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / mitochondrion organization / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / histone H3T45 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-34O / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mol, C.D. / Dougan, D.R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Design, synthesis and structure-activity relationships of 1,3,4-oxadiazole derivatives as novel inhibitors of glycogen synthase kinase-3beta.
著者: Saitoh, M. / Kunitomo, J. / Kimura, E. / Hayase, Y. / Kobayashi, H. / Uchiyama, N. / Kawamoto, T. / Tanaka, T. / Mol, C.D. / Dougan, D.R. / Textor, G.S. / Snell, G.P. / Itoh, F.
履歴
登録2008年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4864
ポリマ－79,7662
非ポリマー7212
水4,179232
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2432
ポリマ－39,8831
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2432
ポリマ－39,8831
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.622, 117.230, 67.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta


分子量: 39882.773 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-383, Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-34O / 2-(1,3-benzodioxol-5-yl)-5-[(3-fluoro-4-methoxybenzyl)sulfanyl]-1,3,4-oxadiazole


分子量: 360.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H13FN2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 105 PEG 3350, 0.2M proline, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 37996 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 17.433
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Num. unique all: 3829 / Χ2: 0.971 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.258 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.835 / SU B: 7.866 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.334 / SU Rfree: 0.251 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1890 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 37843 94.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.68 Å2 / Biso mean: 30.561 Å2 / Biso min: 5.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å2-1.11 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5416 0 50 232 5698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.9817659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6075674
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024256
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22712
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.86123417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.00535581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0722207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.98132078
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 146
Rwork0.277 2637
all-2783
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.74371.80761.38352.74560.46112.2074-0.07120.11920.2620.09580.0639-0.0635-0.10640.0520.00730.0707-0.0233-0.03160.11090.06690.23239.319315.787922.1417
21.30220.01010.05061.0269-0.62632.74980.0498-0.0185-0.0331-0.07830.0140.00020.355-0.3096-0.06380.1996-0.0789-0.00040.10180.03880.1162-7.3414-5.191815.5525
30.7341-0.42961.0514.7126-3.12174.8239-0.0223-0.13730.0711-0.18750.12150.03170.5526-0.1049-0.09920.2184-0.1382-0.03080.17380.05590.0201-24.31496.59448.9079
42.01670.8211-0.24190.8727-0.33991.69690.14770.0420.14110.0125-0.06450.1214-0.13530.0819-0.08320.1078-0.04310.01790.10350.02490.1876-26.792327.216431.0561
5-4.7579-19.701154.0337-8.55390.7964-1.7534-0.6515-0.66081.24190.88481.67260.41740.2788-0.2051-1.02110.0957-0.0792-0.11470.23040.14120.3407-0.494412.76617.8515
6-8.3222-17.93716.37822.849839.100714.2571-0.43470.42991.5441-0.66511.6814-0.85480.6621-0.3018-1.24670.4697-0.0477-0.1360.20420.01770.1026-26.15339.309138.3287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2A137 - 383
3X-RAY DIFFRACTION3B35 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4B137 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5A3000
6X-RAY DIFFRACTION6B3000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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