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- PDB-3f7w: Crystal structure of putative fructosamine-3-kinase (YP_290396.1)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7w
タイトルCrystal structure of putative fructosamine-3-kinase (YP_290396.1) from THERMOBIFIDA FUSCA YX-ER1 at 1.85 A resolution
要素putative fructosamine-3-kinase
キーワードTRANSFERASE / YP_290396.1 / putative fructosamine-3-kinase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #240 / Fructosamine/Ketosamine-3-kinase / Fructosamine kinase / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #240 / Fructosamine/Ketosamine-3-kinase / Fructosamine kinase / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Unknown ligand / Fructosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca YX (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative fructosamine-3-kinase (YP_290396.1) from THERMOBIFIDA FUSCA YX-ER1 at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年11月25日ID: 3D1U
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative fructosamine-3-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,29210
ポリマ－31,8041
非ポリマー4879
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.178, 91.178, 82.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細AUTHORS STATE THAT ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY AND CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 putative fructosamine-3-kinase


分子量: 31804.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア)
解説: Genomic DNA from the protease deficient ER-1 strain derived form Thermobifida fusca YX was a gift from David Wilson.
遺伝子: Tfu_2340, YP_290396.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q47ME9

-
非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.0000M LiCl, 10.0000% PEG-6000, 0.1M Bicine pH 9.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.918381,0.979224,0.978618
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月23日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror forhorizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9183811
20.9792241
30.9786181
反射解像度: 1.85→28.916 Å / Num. obs: 30125 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.539 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.325
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.97.20.6831.11574221990.683100
1.9-1.957.20.5371.41515421180.537100
1.95-2.017.20.4181.81490720780.418100
2.01-2.077.20.312.41449120190.31100
2.07-2.147.10.223.41393619550.22100
2.14-2.217.20.1664.61363119050.166100
2.21-2.297.10.1474.71300918330.147100
2.29-2.397.10.1186.31263117820.118100
2.39-2.497.10.1076.41208317050.107100
2.49-2.6270.0927.61144316290.092100
2.62-2.7670.088.51086315510.0899.9
2.76-2.936.90.0689.81025614790.068100
2.93-3.136.90.06210.4959913900.062100
3.13-3.386.80.05810.7882812980.05899.8
3.38-3.76.60.05111.2794712090.051100
3.7-4.146.20.04712.6686911010.04799.8
4.14-4.786.60.04314.163589630.04397.9
4.78-5.856.90.04114.758438430.041100
5.85-8.276.70.03716.745156740.037100
8.27-28.925.90.02920.723173940.02997

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→28.916 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.725 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.119
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CL IONS AND PEG6000 FRAGMENT (PEG) FROM CRYSTALLIZATION AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO SOLUTION WERE MODELED. 5. THERE IS UNIDENTIFIED DENSITY FOUND NEAR ATP BINDING SITE. IT WAS MODELED AS AN UNKNOWN LIGAND (UNL).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1522 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 30072 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.45 Å2 / Biso mean: 32.77 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 35 323 2588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9543404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95734077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.495318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.25422.258124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33715353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5291530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8331592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4473614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57252470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.24681038
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.70611934
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 95 -
Rwork0.224 2102 -
all-2197 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.3176 Å / Origin y: 11.2604 Å / Origin z: 7.7484 Å
111213212223313233
T-0.1022 Å2-0.0007 Å2-0.0033 Å2--0.0427 Å20.0175 Å2---0.0664 Å2
L0.7345 °20.0587 °20.0177 °2-1.1581 °2-0.0911 °2--1.443 °2
S-0.0027 Å °0.1168 Å °0.015 Å °-0.0857 Å °0.0043 Å °0.0048 Å °0.0743 Å °0.059 Å °-0.0016 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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