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- PDB-3f7a: Structure of Orthorhombic crystal form of Pseudomonas aeruginosa RssB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7a
タイトルStructure of Orthorhombic crystal form of Pseudomonas aeruginosa RssB
要素Probable two-component response regulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / ADAPTOR PHOSPHATASE / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable two-component response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.308 Å
データ登録者levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of RSSB, a CLPX adaptor protein that regulates sigma S
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable two-component response regulator
B: Probable two-component response regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6222
ポリマ－87,6222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.873, 178.970, 57.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Probable two-component response regulator


分子量: 43811.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I045

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日 / 詳細: crystal monochromometer
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 8886 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 39.667
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
4.3-4.4516.70.49299.2
4.45-4.6317.60.29799.8
4.63-4.8418.30.2799.7
4.84-5.118.80.245100
5.1-5.4219.30.283100
5.42-5.8319.50.227100
5.83-6.4219.50.182100
6.42-7.3519.20.121100
7.35-9.2518.20.077100
9.25-5017.60.05699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 4.308→39.307 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 40.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3417 741 4.62 %
Rwork0.296 --
obs0.298 16037 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 196.642 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.308→39.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5617 0 0 0 5617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5567726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7912037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.308-4.63970.41281430.35052997X-RAY DIFFRACTION98
4.6397-5.10580.32641620.31263066X-RAY DIFFRACTION99
5.1058-5.84250.40851560.31643065X-RAY DIFFRACTION100
5.8425-7.3530.35651320.30493078X-RAY DIFFRACTION100
7.353-39.30880.28841480.23743090X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.98710.26150.69187.963-0.124410.17931.4146-0.1919-0.9337-0.3842-0.3391.0592-1.1414-1.2638-0.0012.83420.04990.04771.9260.04922.9753-38.04330.5256-18.8691
22.0971-0.5013.67011.364-3.88-0.45330.5692-0.672-1.5555-0.48590.0951-0.1020.2871-0.07240.00123.14060.1293-0.25642.544-0.2663.3832-20.135623.0471-6.3942
30.5857-1.13270.28352.7099-0.8597-2.16422.52480.2151-0.01640.4886-2.2728-2.1949-1.16972.15030.00324.02970.02490.33673.15041.31813.878617.631827.658611.9424
46.7212-1.5388-5.44552.96573.687512.1503-0.5163-0.15750.226-0.54270.7019-1.0806-0.11251.14610.00023.2367-0.16580.00792.02930.25893.630135.280412.883116.4086
510.24997.1739-7.52828.5685-1.49636.3976-0.18061.7165-0.129-0.7498-0.4373-0.0582-0.58880.17660.00083.4561-0.23080.39552.2443-0.2492.9185-20.030112.0124-34.5744
6-0.7534.85611.6474-3.60592.80563.96-0.20831.0144-0.5322-1.09560.7867-0.66190.36012.58960.00083.6987-0.0482-0.51452.5051-0.12742.9388-9.261921.5092-17.1507
7-0.2687-2.7956-0.6782-0.24151.73540.54461.3426-4.0743-0.9321-0.9963-0.9586-1.3574-0.5736-2.090.00593.8043-1.13170.21773.3468-0.52363.89488.608420.68321.5985
87.924-3.169-4.61577.37582.23036.78590.4402-0.54550.46471.251-0.09960.39591.0123-0.8334-0.00013.6815-0.6210.09852.55190.09712.92214.008637.120637.1595
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A and resid 5-111
2X-RAY DIFFRACTION2Chain A and resid 112-147
3X-RAY DIFFRACTION3Chain A and resid 148-167
4X-RAY DIFFRACTION4Chain A and resid 168-392
5X-RAY DIFFRACTION5Chain B and resid 5-111
6X-RAY DIFFRACTION6Chain B and resid 112-147
7X-RAY DIFFRACTION7Chain B and resid 148-167
8X-RAY DIFFRACTION8Chain B and resid 168-392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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