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- PDB-3f72: Crystal Structure of the Staphylococcus aureus pI258 CadC Metal B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f72
タイトルCrystal Structure of the Staphylococcus aureus pI258 CadC Metal Binding Site 2 Mutant
要素Cadmium efflux system accessory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION / Cadmium repressor protein / zinc binding site / dimerization site 2 mutant / Cadmium resistance / DNA-binding / Plasmid / Transcription / Transcription regulation / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to cadmium ion / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ArsR-type transcription regulator, HTH motif / Bacterial regulatory proteins, arsR family signature. / : / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...ArsR-type transcription regulator, HTH motif / Bacterial regulatory proteins, arsR family signature. / : / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cadmium resistance transcriptional regulatory protein CadC
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Kandegedara, A. / Thiyagarajan, S. / Kondapalli, K.C. / Stemmler, T.L. / Rosen, B.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2009
タイトル: Role of bound Zn(II) in the CadC Cd(II)/Pb(II)/Zn(II)-responsive repressor.
著者: Kandegedara, A. / Thiyagarajan, S. / Kondapalli, K.C. / Stemmler, T.L. / Rosen, B.P.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadmium efflux system accessory protein
B: Cadmium efflux system accessory protein
C: Cadmium efflux system accessory protein
D: Cadmium efflux system accessory protein
E: Cadmium efflux system accessory protein
F: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,88811
ポリマ-81,7736
非ポリマー1155
2,558142
1
A: Cadmium efflux system accessory protein
B: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3506
ポリマ-27,2582
非ポリマー924
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
C: Cadmium efflux system accessory protein
D: Cadmium efflux system accessory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2582
ポリマ-27,2582
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
3
E: Cadmium efflux system accessory protein
F: Cadmium efflux system accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2813
ポリマ-27,2582
非ポリマー231
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.471, 89.471, 148.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
Cadmium efflux system accessory protein


分子量: 13628.853 Da / 分子数: 6 / 変異: C11G, D101G, H103A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20047
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.6 M (NH4)2SO4 and 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器日付: 2008年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 50010 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.3-2.385.10.4379
2.38-2.486.10.43594.1
2.48-2.597.50.39599.9
2.59-2.737.70.279100
2.73-2.97.70.209100
2.9-3.127.80.15100
3.12-3.447.80.11100
3.44-3.937.80.102100
3.93-4.957.70.087100
4.95-507.60.06499.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 46.72 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å10 Å
Translation4 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→34.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.848 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28785 2539 5.1 %RANDOM
Rwork0.23736 ---
obs0.23995 47401 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→34.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4696 0 5 142 4843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0224737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5261.9556387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6735610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.09125.377212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34115840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0011524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.22427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4541.53051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64524844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.18531700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4734.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.306→2.366 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 151 -
Rwork0.291 2710 -
obs--76.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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