PDB-3f5s: CRYSTAL STRUCTURE OF putatitve short chain dehydrogenase from Shi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f5s

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putatitve short chain dehydrogenase from Shigella flexneri 2a str. 301

要素

dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / dehydrogenase / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putatitve short chain dehydrogenase from Shigella flexneri 2a str. 301
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2008年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f5s.cif.gz	105.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f5s.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f5s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3f5s_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f5s_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	3f5s_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	3f5s_validation.cif.gz	31.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/3f5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/3f5s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3gy0-1 3f1l-d 3gnb-1 5lv4-d 5tpb-1 3bs0-1 5mk6-d 1sny-1 6jev-d 3zwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-13837c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: dehydrogenase

B: dehydrogenase

56.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.993, 67.414, 65.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	dehydrogenase 分子量: 28363.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 株: 2a str. 301 / 遺伝子: AAP16771.1, S1358, SF1273, yciK / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q83RM3, UniProt: A0A0H2UYY2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

dehydrogenase

分子量: 28363.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: 2a str. 301 / 遺伝子: AAP16771.1, S1358, SF1273, yciK / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q83RM3, UniProt: A0A0H2UYY2*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M tris-hcl, 0.2 sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 25.92 / 数: 652231 / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.58 / D res high: 1.34 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 184342 / % possible obs: 94.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.89	50	94.7	1	0.038	2.836	3.6
2.29	2.89	99.4	1	0.049	2.565	3.7
2	2.29	91.5	1	0.062	2.136	3.6
1.82	2	98.3	1	0.085	1.696	3.7
1.69	1.82	98.1	1	0.117	1.207	3.8
1.59	1.69	97.8	1	0.164	1.09	3.8
1.51	1.59	97.3	1	0.234	1.024	3.8
1.44	1.51	96.5	1	0.317	0.987	3.5
1.39	1.44	91.4	1	0.408	0.941	3
1.34	1.39	77.7	1	0.452	0.928	2.5

反射

解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 184342 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.583 / Net I/σ(I): 25.921

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.34-1.39	2.5	0.452	15258	0.928	1	77.7
1.39-1.44	3	0.408	17812	0.941	1	91.4
1.44-1.51	3.5	0.317	18853	0.987	1	96.5
1.51-1.59	3.8	0.234	19106	1.024	1	97.3
1.59-1.69	3.8	0.164	19064	1.09	1	97.8
1.69-1.82	3.8	0.117	19141	1.207	1	98.1
1.82-2	3.7	0.085	19285	1.696	1	98.3
2-2.29	3.6	0.062	17836	2.136	1	91.5
2.29-2.89	3.7	0.049	19465	2.565	1	99.4
2.89-50	3.6	0.038	18522	2.836	1	94.7

-
位相決定

Phasing dm

FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.57 / 反射: 92307 / Reflection acentric: 90023 / Reflection centric: 2284

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
3.8-28.144	0.93	0.94	0.81	4218	3907	311
2.4-3.8	0.9	0.9	0.75	12870	12379	491
1.9-2.4	0.81	0.81	0.62	15660	15242	418
1.7-1.9	0.68	0.69	0.48	16174	15831	343
1.4-1.7	0.55	0.55	0.37	27996	27507	489
1.3-1.4	0.43	0.44	0.31	15389	15157	232

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SHELXS		位相決定

精密化

解像度: 1.36→7.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 1.679 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / SU R_free: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	4452	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	88705	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 500 Å² / B_iso mean: 15.753 Å² / B_iso min: 4.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→7.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3519	0	0	251	3770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.958	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.013	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.232	24.091	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.164	15	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.964	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.117	3.5	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.063	50	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.864	50	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.656	4.5	1287

LS精密化シェル

解像度: 1.36→1.394 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	298	-
R_work	0.251	5349	-
all	-	5647	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9592	-0.1227	-0.1276	0.1126	0.0389	0.5642	-0.0057	0.1581	-0.0252	-0.0242	-0.0157	0.0125	-0.0474	0.0165	0.0214	-0.0083	-0.0062	-0.0027	-0.0119	-0.0027	-0.0158	11.4519	28.2815	16.4093
2	0.8024	0.1613	-0.2008	0.2525	-0.0137	0.3274	0.0028	-0.1062	-0.0242	0.0447	-0.0296	-0.0241	-0.0154	-0.0165	0.0267	-0.0059	0.0038	-0.0046	-0.0071	0.0024	-0.0259	-11.19	27.7955	42.1601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 241
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 242

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