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- PDB-3f56: The structure of a previously undetected carboxysome shell protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f56
タイトルThe structure of a previously undetected carboxysome shell protein: CsoS1D from Prochlorococcus marinus MED4
要素CsoS1D
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Carboxysome / Hexamer
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell protein CsoS1D
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Klein, M.G. / Zwart, P. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Identification and structural analysis of a novel carboxysome shell protein with implications for metabolite transport.
著者: Klein, M.G. / Zwart, P. / Bagby, S.C. / Cai, F. / Chisholm, S.W. / Heinhorst, S. / Cannon, G.C. / Kerfeld, C.A.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CsoS1D
B: CsoS1D
C: CsoS1D
D: CsoS1D
E: CsoS1D
F: CsoS1D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,0096
ポリマ－186,0096
非ポリマー00
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19380 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.410, 131.286, 131.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
CsoS1D / Carboxysome Shell Protein


分子量: 31001.518 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)
株: MED4 / 遺伝子: PMM0547 / プラスミド: pProEX_HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q7V2D3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12% Tacsimate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97680, 0.97960
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97681
20.97961
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 177663 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 29.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHENIXモデル構築
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.303→46.501 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 8907 5.01 %
Rwork0.188 --
obs0.1895 93264 97.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.394 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.196 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.402 Å20 Å2
3----3.794 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→46.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9269 0 0 682 9951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099412
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21712757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7423402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3032-2.32940.28422330.25194740X-RAY DIFFRACTION83
2.3294-2.35680.32472970.25325740X-RAY DIFFRACTION100
2.3568-2.38560.27553180.24285647X-RAY DIFFRACTION99
2.3856-2.41580.28382960.23675791X-RAY DIFFRACTION100
2.4158-2.44750.27183470.24225685X-RAY DIFFRACTION99
2.4475-2.48110.24382910.2265696X-RAY DIFFRACTION99
2.4811-2.51650.25922840.22125724X-RAY DIFFRACTION100
2.5165-2.55410.2752920.22645725X-RAY DIFFRACTION99
2.5541-2.5940.27862970.22995715X-RAY DIFFRACTION99
2.594-2.63650.27792500.22375703X-RAY DIFFRACTION99
2.6365-2.6820.24293040.21115752X-RAY DIFFRACTION99
2.682-2.73070.26382700.21875686X-RAY DIFFRACTION99
2.7307-2.78320.25543200.21145705X-RAY DIFFRACTION99
2.7832-2.840.26113170.20785611X-RAY DIFFRACTION99
2.84-2.90180.23492550.19425775X-RAY DIFFRACTION99
2.9018-2.96930.21273300.18815583X-RAY DIFFRACTION99
2.9693-3.04350.21373220.19565664X-RAY DIFFRACTION98
3.0435-3.12580.21883140.19545604X-RAY DIFFRACTION98
3.1258-3.21770.2343070.19765675X-RAY DIFFRACTION98
3.2177-3.32160.19912860.18365679X-RAY DIFFRACTION98
3.3216-3.44030.20023080.17375594X-RAY DIFFRACTION98
3.4403-3.57790.1983180.17015644X-RAY DIFFRACTION98
3.5779-3.74070.20242930.16485589X-RAY DIFFRACTION98
3.7407-3.93780.17622950.15775603X-RAY DIFFRACTION98
3.9378-4.18440.1792620.15395638X-RAY DIFFRACTION98
4.1844-4.50730.17332770.14825651X-RAY DIFFRACTION98
4.5073-4.96040.1583000.14025605X-RAY DIFFRACTION98
4.9604-5.67710.17563410.16215493X-RAY DIFFRACTION97
5.6771-7.14830.19742760.17575494X-RAY DIFFRACTION95
7.1483-46.510.1963070.1795545X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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