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万見
- PDB-3f4m: Crystal structure of TIPE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4m
タイトルCrystal structure of TIPE2
要素Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8-like protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / TIPE2 / immune homeostasis / TNFAIP8
機能・相同性
機能・相同性情報


PI Metabolism / negative regulation of T cell activation / T cell activation / negative regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / lysosome / innate immune response / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like superfamily / Domain of unknown function (DUF758) / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 8-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of TIPE2 provides insights into immune homeostasis
著者: Zhang, X. / Wang, J. / Fan, C. / Li, H. / Sun, H. / Gong, S. / Chen, Y.H. / Shi, Y.
履歴
登録2008年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1542
ポリマ－18,1191
非ポリマー351
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.815, 91.815, 67.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

21A-231-

HOH

31A-234-

HOH

41A-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8-like protein 2 / TIPE2 / Inflammation factor 20


分子量: 18118.830 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 24-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFAIP8L2 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P589
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13% PEGMME2000, 0.23M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11.5
シンクロトロンSPring-8 BL41XU21
回転陽極BRUKER AXS MICROSTAR-H31.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年5月28日
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年5月28日
Bruker Platinum 1353CCD2008年2月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.51
211
31.54181
反射解像度: 1.696→30 Å / Num. all: 19263 / Num. obs: 19032 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.696→1.76 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1872 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.696→25.829 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 972 5.13 %RANDOM
Rwork0.1874 ---
obs0.1901 18952 98.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.29 Å2 / ksol: 0.432 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.01 Å2 / Biso mean: 35.154 Å2 / Biso min: 19.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.202 Å2-0 Å20 Å2
2---0.202 Å2-0 Å2
3---0.403 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→25.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 1 99 1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7261694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.949468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6959-1.78530.26491400.1515253099
1.7853-1.89710.28121430.15032524100
1.8971-2.04360.22661240.1544255999
2.0436-2.24910.23351480.14622563100
2.2491-2.57430.25031450.1535255999
2.5743-3.24240.22191470.18342614100
3.2424-25.8320.24731250.2167263194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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