PDB-3f1z: Crystal structure of putative nucleic acid-binding lipoprotein (Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f1z

タイトル

Crystal structure of putative nucleic acid-binding lipoprotein (YP_001337197.1) from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 at 2.46 A resolution

要素

putative nucleic acid-binding lipoprotein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / YP_001337197.1 / putative nucleic acid-binding lipoprotein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Unknown function

機能・相同性

Protein of unknown function, OB-fold-containing / tRNA_anti-like / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: The structure of KPN03535 (gi|152972051), a novel putative lipoprotein from Klebsiella pneumoniae, reveals an OB-fold.
著者: Das, D. / Kozbial, P. / Han, G.W. / Carlton, D. / Jaroszewski, L. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Chiu, M. / Clayton, T. / Deller, M.C. ...

履歴

登録	2008年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3f1z_full_validation.pdf.gz	513.9 KB	表示
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CIF形式データ	3f1z_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1z	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6rwp-d 2p0h-d 6wof-d 6q2z-d 6wo7-d 5wsz-2 6woe-d 1kpf-d 1ztq-4 2wja-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 390051

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 390051

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative nucleic acid-binding lipoprotein

B: putative nucleic acid-binding lipoprotein

C: putative nucleic acid-binding lipoprotein

D: putative nucleic acid-binding lipoprotein

E: putative nucleic acid-binding lipoprotein

F: putative nucleic acid-binding lipoprotein

G: putative nucleic acid-binding lipoprotein

H: putative nucleic acid-binding lipoprotein

I: putative nucleic acid-binding lipoprotein

J: putative nucleic acid-binding lipoprotein

ヘテロ分子

146 kDa, 10 ポリマー
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1

A: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: putative nucleic acid-binding lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.7 kDa, 1 ポリマー
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7

G: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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8

H: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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9

I: putative nucleic acid-binding lipoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
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10

J: putative nucleic acid-binding lipoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
14.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.420, 105.507, 181.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	41 - 153
2	1	1	4	B	41 - 153
3	1	1	4	C	41 - 153
4	1	1	4	D	41 - 153
5	1	1	4	E	41 - 153
6	1	1	4	F	41 - 153
7	1	1	4	G	41 - 153
8	1	1	4	H	41 - 153
9	1	1	4	I	41 - 153
10	1	1	4	J	41 - 153

詳細

AUTHORS STATE THAT THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 10 CHAINS FORMING A DIMER OF STACKED PENTAMERIC RINGS. HOWEVER, QUATERNARY STRUCTURE ANALYSIS USING THE PISA SERVER AND ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE LIKELY STABLE FORM.

#1: タンパク質	putative nucleic acid-binding lipoprotein 分子量: 14601.099 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) 遺伝子: KPN78578_35060, KPN_03535, YP_001337197.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6TEE6
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT IS COMPRISED OF RESIDUES 23-154 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN 1-154. IT WAS EXPRESSED ...THIS CONSTRUCT IS COMPRISED OF RESIDUES 23-154 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN 1-154. IT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 31.0% polyethylene glycol 600, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.46→29.881 Å / Num. obs: 68362 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.365 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 4.443

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.46-2.52	7.6	0.696	1.1	37475	4955	0.696	99.7
2.52-2.59	7.6	0.551	1.4	36830	4870	0.551	99.8
2.59-2.67	7.6	0.482	1.4	35803	4742	0.482	99.9
2.67-2.75	7.5	0.372	2	34809	4619	0.372	99.9
2.75-2.84	7.6	0.302	2.5	33735	4465	0.302	99.9
2.84-2.94	7.5	0.249	3.1	32710	4333	0.249	100
2.94-3.05	7.5	0.202	3.8	31592	4188	0.202	100
3.05-3.18	7.5	0.156	4.8	30439	4039	0.156	100
3.18-3.32	7.5	0.121	6.1	29123	3868	0.121	100
3.32-3.48	7.5	0.109	3.1	27873	3723	0.109	100
3.48-3.67	7.5	0.095	3	26529	3538	0.095	100
3.67-3.89	7.5	0.082	4.1	25103	3363	0.082	100
3.89-4.16	7.4	0.076	7.7	23373	3147	0.076	100
4.16-4.49	7.4	0.071	8.9	21882	2956	0.071	100
4.49-4.92	7.4	0.068	9.4	20286	2747	0.068	100
4.92-5.5	7.3	0.065	10.3	18059	2463	0.065	100
5.5-6.35	7.2	0.075	8.8	15824	2190	0.075	99.7
6.35-7.78	7.1	0.07	9.1	13310	1877	0.07	99.6
7.78-11	6.9	0.058	10.3	10277	1481	0.058	99.2
11-29.881	6.2	0.06	9.4	4964	798	0.06	93

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.46→29.881 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 12.325 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.218
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3458	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	68310	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.77 Å² / B_iso mean: 35.156 Å² / B_iso min: 14.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→29.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9080	0	14	323	9417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	9359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.937	12725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	15197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.554	5	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.724	24.61	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.443	15	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.472	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	6035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.159	2	6342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.276	2	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.718	3	9627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.088	2	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.515	3	3082

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
7	G	MEDIUM POSITIONAL	0.31	0.5
8	H	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
9	I	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
10	J	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.65	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.57	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.52	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.58	2
5	E	MEDIUM THERMAL	0.77	2
6	F	MEDIUM THERMAL	0.68	2
7	G	MEDIUM THERMAL	0.65	2
8	H	MEDIUM THERMAL	0.56	2
9	I	MEDIUM THERMAL	0.51	2
10	J	MEDIUM THERMAL	0.56	2

LS精密化シェル

解像度: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	256	-
R_work	0.3	4689	-
all	-	4945	-
obs	-	-	99.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3241	-0.4959	0.715	2.5637	1.1347	2.6747	-0.0359	0.0271	-0.1356	-0.2262	-0.021	0.0295	-0.1451	0.029	0.0569	-0.1393	0.0022	0.0139	-0.1912	0.0323	-0.1217	11.5393	71.8378	44.8867
2	1.8191	-0.5313	0.0129	2.0169	-0.8052	3.5552	-0.063	-0.2001	0.0882	0.1597	0.0153	-0.0738	-0.3585	-0.0821	0.0477	-0.1024	0.0377	-0.0225	-0.0074	-0.0335	-0.1109	13.994	81.15	76.5638
3	0.9568	-0.5694	-0.3241	5.1013	0.188	1.726	-0.1098	-0.1112	0.0415	0.4643	0.0524	-0.0095	-0.0317	-0.1868	0.0574	-0.0369	0.0242	-0.0401	0.1507	0.0661	-0.0847	12.789	54.049	95.7293
4	1.6715	0.0507	0.3105	2.3689	-0.4939	6.004	0.0325	-0.2782	-0.1396	-0.008	0.0997	0.1145	0.3635	-0.4628	-0.1322	-0.0861	-0.11	-0.0134	0.0252	0.1436	-0.0316	9.7981	28.1411	75.954
5	2.5107	1.7265	-0.2432	4.1194	-0.2979	2.0228	0.0116	-0.0433	-0.0117	-0.0837	0.0251	0.0706	0.1333	-0.1237	-0.0367	-0.1586	-0.0205	-0.0263	-0.1803	-0.0022	-0.0761	8.7797	39.016	44.5726
6	2.6873	1.0788	0.45	2.6313	1.2183	2.3266	-0.0665	-0.0033	-0.0035	-0.1459	0.0176	-0.0884	-0.1521	0.1379	0.0489	-0.1423	-0.0306	0.0016	-0.1475	0.0408	-0.079	39.7126	76.3945	51.269
7	1.8284	-0.0014	1.0982	1.8925	-0.6487	3.4281	-0.0531	-0.1422	-0.0099	0.1462	-0.0136	-0.0485	-0.1583	0.0701	0.0666	-0.13	-0.0161	-0.0216	0.0252	-0.0072	-0.0936	41.2404	73.8779	84.0931
8	2.6192	-0.9016	0.5015	3.5691	0.643	2.113	-0.1055	-0.3577	-0.1999	0.2426	0.1874	0.0371	0.2382	0.0208	-0.082	-0.0593	0.008	-0.0398	0.109	0.1757	-0.0383	39.1552	41.8268	92.0233
9	1.6147	-0.1489	-0.5911	1.7188	-0.8453	7.1955	-0.0622	-0.1398	-0.279	-0.0687	-0.2389	-0.2989	0.8377	0.443	0.3012	0.0167	0.075	0.0377	-0.0425	0.1392	0.1361	36.2957	24.8161	64.0152
10	2.1899	0.8562	-0.7885	4.2364	-0.8743	1.8199	-0.0899	-0.1001	-0.2477	-0.4401	-0.0451	-0.5009	0.1267	0.1311	0.135	-0.1155	0.0406	0.0927	-0.1209	0.0062	0.0458	36.6326	46.0578	38.6127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	36 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	36 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	36 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	36 - 153
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	37 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	37 - 154
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	39 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	36 - 154

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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