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万見
- PDB-3f0x: Staphylococcus aureus F98Y mutant dihydrofolate reductase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f0x
タイトルStaphylococcus aureus F98Y mutant dihydrofolate reductase complexed with NADPH and 2,4-Diamino-5-[3-(3-methoxy-5-(3,5-dimethylphenyl)phenyl)but-1-ynyl]-6-methylpyrimidine
要素Trimethoprim-sensitive dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-53T / Chem-NDP / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus RF122 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Anderson, A.C. / Frey, K.M. / Liu, J. / Lombardo, M.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Complexes of Wildtype and Mutant MRSA DHFR Reveal Interactions for Lead Design
著者: Frey, K.M. / Liu, J. / Lombardo, M.N. / Bolstad, D.B. / Smith, A.E. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.
履歴
登録2008年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Trimethoprim-sensitive dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1633
ポリマ－18,0321
非ポリマー1,1322
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.048, 79.048, 108.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Trimethoprim-sensitive dihydrofolate reductase


分子量: 18031.557 Da / 分子数: 1 / 変異: F98Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus RF122 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: dfrB / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YY41, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-53T / 5-[(3R)-3-(5-methoxy-3',5'-dimethylbiphenyl-3-yl)but-1-yn-1-yl]-6-methylpyrimidine-2,4-diamine


分子量: 386.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 % PEG 10000, 150 mM Sodium acetate, 100 mM MES pH 6.5, 5 % Butyrlactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.53 Å / Num. all: 5893 / Num. obs: 5893 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 208 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 85.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Sa F98Y DHFR bound to folate and NADPH (Dale et al., J.Mol.Biol. 1997, structure not deposited in the PDB).

解像度: 2.6→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 11.194 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.319 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 293 4.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 5893 --
obs0.214 5893 93.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.75 Å2 / Biso mean: 15.908 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1274 0 77 8 1359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6272.0591978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4475156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86724.19462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94815226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.941156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2948
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5891.5801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07621282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2583755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.864.5696
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 7 -
Rwork0.299 208 -
all-215 -
obs-5893 85.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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