+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f0t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of thymidine kinase from Herpes simplex virus type 1 in complex with N-methyl-DHBT | ||||||
![]() | Thymidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / thymidine kinase / DNA-synthesis / PET tracer / ATP-binding / DNA synthesis / Early protein / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pernot, L. / Perozzo, R. / Westermaier, Y. / Martic, M. / Ametamey, S. / Scapozza, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis, crystal structure, and in vitro biological evaluation of C-6 pyrimidine derivatives: new lead structures for monitoring gene expression in vivo. 著者: Martic, M. / Pernot, L. / Westermaier, Y. / Perozzo, R. / Kraljevic, T.G. / Kristafor, S. / Raic-Malic, S. / Scapozza, L. / Ametamey, S. #1: ![]() タイトル: Nucleoside binding site of herpes simplex type 1 thymidine kinase analyzed by X-ray crystallography. 著者: Vogt, J. / Perozzo, R. / Pautsch, A. / Prota, A. / Schelling, P. / Pilger, B. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1995 タイトル: The three-dimensional structure of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1. 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal structures of the thymidine kinase from herpes simplex virus type-1 in complex with deoxythymidine and ganciclovir. 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 108.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 489.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35908.266 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 45-376 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 17 / 遺伝子: TK, UL23 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.9-1.2M Li2SO4, 1mM DTT, 0.1M HEPES pH 7.5-8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→31 Å / Num. all: 48655 / Num. obs: 48655 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 7028 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1E2P 解像度: 2→31 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.3 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→31 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
|