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- PDB-3eyc: New crystal structure of human tear lipocalin in complex with 1,4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eyc
タイトルNew crystal structure of human tear lipocalin in complex with 1,4-butanediol in space group P21
要素Lipocalin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ligand-binding protein / beta-barrel / Secreted / Sensory transduction / Taste / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of fatty acids / response to stimulus / chloride ion binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / sensory perception of taste / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / Lipocalin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Breustedt, D.A. / Keil, L. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: A new crystal form of human tear lipocalin reveals high flexibility in the loop region and induced fit in the ligand cavity
著者: Breustedt, D.A. / Chatwell, L. / Skerra, A.
履歴
登録2008年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipocalin-1
B: Lipocalin-1
C: Lipocalin-1
D: Lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1578
ポリマ－71,7974
非ポリマー3604
水3,333185
1
A: Lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0392
ポリマ－17,9491
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0392
ポリマ－17,9491
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0392
ポリマ－17,9491
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0392
ポリマ－17,9491
非ポリマー901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.907, 34.166, 143.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Lipocalin-1 / Von Ebner gland protein / VEG protein / Tear prealbumin / TP / Tear lipocalin / Tlc


分子量: 17949.180 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 5-166 / 変異: C101S, D158A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tear / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN1 / プラスミド: pTlc3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P31025
#2: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % / Mosaicity: 0.466 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 27% PEG3350, 0.8% 1.4-Butanediol, 200mM NaCl, 100mM Tris/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: Osmics mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 19625 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Num. unique obs: 1852 / Χ2: 0.991

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xki, residues 14 to 24, 38 to 55, 64 to 104 and 110 to 150

1xki


解像度: 2.6→20 Å / FOM work R set: 0.798 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.274 1000 Random
Rwork0.228 --
obs-19581 -
原子変位パラメータBiso mean: 43.683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 0 24 185 4524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.6-2.640.244400.296888928
2.64-2.690.57410.354895936
2.69-2.740.45590.319900959
2.74-2.80.443490.335927976
2.8-2.860.406480.307935983
2.86-2.930.314650.296895960
2.93-30.278340.288925959
3-3.080.407490.277946995
3.08-3.170.219510.231904955
3.17-3.270.307590.256918977
3.27-3.390.281470.244936983
3.39-3.520.244480.222920968
3.52-3.680.301460.242938984
3.68-3.880.209540.2936990
3.88-4.120.23530.184912965
4.12-4.430.28440.1999571001
4.43-4.870.242530.1769581011
4.87-5.570.212490.194942991
5.57-6.960.261490.2179641013
6.96-200.238620.2129851047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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