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万見
- PDB-3eyb: Structural and functional insights into the ligand binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eyb
タイトルStructural and functional insights into the ligand binding domain of a non-duplicated RXR from the invertebrate chordate amphioxus
要素Nuclear hormone receptor RXR
キーワードTRANSCRIPTION / Amphioxus / Retinoid X receptor / nuclear receptor / ligand binding / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / sequence-specific DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear hormone receptor RXR
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Tocchini-Valentini, G.D. / Rochel, N. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional insights into the ligand-binding domain of a nonduplicated retinoid X nuclear receptor from the invertebrate chordate amphioxus
著者: Tocchini-Valentini, G.D. / Rochel, N. / Escriva, H. / Germain, P. / Peluso-Iltis, C. / Paris, M. / Sanglier-Cianferani, S. / Van Dorsselaer, A. / Moras, D. / Laudet, V.
履歴
登録2008年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear hormone receptor RXR
B: Nuclear hormone receptor RXR
C: Nuclear hormone receptor RXR
D: Nuclear hormone receptor RXR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7914
ポリマ－98,7914
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.723, 96.120, 131.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nuclear hormone receptor RXR


分子量: 24697.746 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 266-484, Ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8MX78
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 M Na acetate, 0.1 M ADA pH=6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.79→15 Å / Num. all: 22831 / Num. obs: 22831 / % possible obs: 90.34 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBD

1lbd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.79→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 1167 random
Rwork0.202 --
all0.202 22811 -
obs0.202 22811 -
原子変位パラメータBiso mean: 56.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6147 0 0 49 6196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.67
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / Num. reflection obs: 1339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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