PDB-3eud: Structure of the CS domain of the essential H/ACA RNP assembly pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eud

タイトル

Structure of the CS domain of the essential H/ACA RNP assembly protein Shq1p

要素

Protein SHQ1

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / CS domain HSP20-like domain Shq1 H/ACA snoRNP Ribosome biogenesis / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / unfolded protein binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Singh, M. / Cascio, D. / Gonzales, F.A. / Heckmann, N. / Chanfreau, G. / Feigon, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Functional Studies of the CS Domain of the Essential H/ACA Ribonucleoparticle Assembly Protein SHQ1.
著者: Singh, M. / Gonzales, F.A. / Cascio, D. / Heckmann, N. / Chanfreau, G. / Feigon, J.

履歴

登録	2008年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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-
関連構造データ

類似構造データ	3cmy-d 3jqw-2 1d7h-1 3wzt-5 1uy1-d 4e3b-1 2mwy-d 3iux-1 4s1z-1 4jp7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein SHQ1

B: Protein SHQ1

C: Protein SHQ1

D: Protein SHQ1

E: Protein SHQ1

F: Protein SHQ1

82.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
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5

E: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
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6

F: Protein SHQ1

ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.938, 146.293, 48.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Protein SHQ1 / Small nucleolar RNAs of the box H/ACA family quantitative accumulation protein 1 分子量: 13799.377 Da / 分子数: 6 / 断片: CS domain, UNP residues 1-98 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SHQ1, YIL104C / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40486
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris HCl,0.2 M Ammonium Sulfate 25% w/v PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→90 Å / Num. obs: 39269 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 24.621

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	2.4	0.398	4701	1.052	61.5
2.49-2.59	4	0.335	7022	1.072	91
2.59-2.7	6.4	0.279	7664	1.056	99.8
2.7-2.85	7.6	0.193	7638	1.037	100
2.85-3.02	7.8	0.131	7688	0.993	100
3.02-3.26	7.8	0.084	7639	0.997	100
3.26-3.59	7.8	0.064	7667	0.952	100
3.59-4.1	7.7	0.06	7660	1.108	100
4.1-5.17	7.6	0.066	7662	1.06	100
5.17-90	7.6	0.046	7653	0.975	99.5

-
位相決定

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 40976

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
10.96-100	27.1	0.584	508
8.27-10.96	27.8	0.836	613
6.92-8.27	25.7	0.891	743
6.07-6.92	31.3	0.877	853
5.47-6.07	23.2	0.913	952
5.02-5.47	25.9	0.911	1039
4.66-5.02	25.2	0.9	1125
4.37-4.66	22.1	0.915	1179
4.13-4.37	23.1	0.902	1268
3.93-4.13	26.7	0.876	1322
3.75-3.93	25.5	0.891	1348
3.59-3.75	26.6	0.856	1469
3.46-3.59	26.7	0.878	1479
3.33-3.46	26.6	0.856	1563
3.22-3.33	29.3	0.846	1579
3.12-3.22	28.3	0.847	1679
3.03-3.12	32.1	0.835	1679
2.95-3.03	33.3	0.817	1784
2.87-2.95	35.4	0.796	1761
2.8-2.87	34.7	0.796	1870
2.73-2.8	36.6	0.782	1885
2.67-2.73	36.1	0.782	1925
2.61-2.67	38.8	0.757	1983
2.56-2.61	39.5	0.76	1973
2.51-2.56	38.5	0.738	2061
2.46-2.51	38.4	0.707	1830
2.41-2.46	43.1	0.652	1513
2.37-2.41	40.8	0.64	1157
2.33-2.37	41.9	0.606	836

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
直接法	6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL2Map		位相決定

精密化

解像度: 2.4→35.416 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.774 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: mlhl

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	1959	5.01 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	-	39133	96.74 %	-

溶媒の処理

B_sol: 41.701 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.96 Å² / B_iso mean: 52.794 Å² / B_iso min: 19.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.174 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.327 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.502 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	0	103	4951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.286	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.164	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.129	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.4-2.411	0.349	293	X-RAY DIFFRACTION	74	56
2.411-2.422	0.311	329	X-RAY DIFFRACTION	74	59
2.422-2.434	0.315	331	X-RAY DIFFRACTION	74	62
2.434-2.445	0.292	377	X-RAY DIFFRACTION	74	71
2.445-2.457	0.331	398	X-RAY DIFFRACTION	74	74
2.457-2.469	0.283	385	X-RAY DIFFRACTION	74	76
2.469-2.481	0.312	441	X-RAY DIFFRACTION	74	81
2.481-2.493	0.296	461	X-RAY DIFFRACTION	74	85
2.493-2.506	0.315	479	X-RAY DIFFRACTION	74	87
2.506-2.519	0.292	458	X-RAY DIFFRACTION	74	88
2.519-2.532	0.307	491	X-RAY DIFFRACTION	74	88
2.532-2.546	0.289	479	X-RAY DIFFRACTION	74	90
2.546-2.56	0.32	515	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.56-2.574	0.302	491	X-RAY DIFFRACTION	74	93
2.574-2.588	0.307	497	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.588-2.603	0.285	512	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.603-2.618	0.293	517	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.618-2.634	0.32	497	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.634-2.65	0.316	526	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.65-2.666	0.312	500	X-RAY DIFFRACTION	74	93
2.666-2.683	0.308	525	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.683-2.7	0.301	504	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.7-2.717	0.31	517	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.717-2.735	0.291	505	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.735-2.754	0.288	514	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.754-2.773	0.303	473	X-RAY DIFFRACTION	74	93
2.773-2.792	0.284	529	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.792-2.812	0.266	507	X-RAY DIFFRACTION	74	93
2.812-2.833	0.27	543	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.833-2.854	0.289	511	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.854-2.876	0.299	516	X-RAY DIFFRACTION	74	96
2.876-2.899	0.306	498	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.899-2.922	0.302	501	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.922-2.946	0.282	513	X-RAY DIFFRACTION	74	94
2.946-2.971	0.297	511	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.971-2.997	0.273	528	X-RAY DIFFRACTION	74	95
2.997-3.024	0.261	533	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.024-3.052	0.263	516	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.052-3.08	0.265	514	X-RAY DIFFRACTION	74	94
3.08-3.11	0.261	501	X-RAY DIFFRACTION	74	97
3.11-3.141	0.243	524	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.141-3.174	0.245	519	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.174-3.207	0.243	520	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.207-3.243	0.254	532	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.243-3.279	0.251	502	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.279-3.318	0.247	512	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.318-3.358	0.254	515	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.358-3.401	0.243	517	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.401-3.446	0.23	536	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.446-3.493	0.215	526	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.493-3.543	0.206	510	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.543-3.595	0.195	510	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.595-3.651	0.212	533	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.651-3.711	0.187	524	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.711-3.775	0.215	523	X-RAY DIFFRACTION	74	95
3.775-3.844	0.18	515	X-RAY DIFFRACTION	74	94
3.844-3.918	0.191	507	X-RAY DIFFRACTION	74	94
3.918-3.997	0.185	534	X-RAY DIFFRACTION	74	96
3.997-4.084	0.181	525	X-RAY DIFFRACTION	74	93
4.084-4.179	0.176	518	X-RAY DIFFRACTION	74	95
4.179-4.284	0.171	519	X-RAY DIFFRACTION	74	95
4.284-4.399	0.161	542	X-RAY DIFFRACTION	74	95
4.399-4.528	0.153	508	X-RAY DIFFRACTION	74	95
4.528-4.674	0.156	514	X-RAY DIFFRACTION	74	94
4.674-4.841	0.153	551	X-RAY DIFFRACTION	74	95
4.841-5.034	0.159	511	X-RAY DIFFRACTION	74	94
5.034-5.263	0.162	533	X-RAY DIFFRACTION	74	95
5.263-5.539	0.184	529	X-RAY DIFFRACTION	74	94
5.539-5.885	0.184	531	X-RAY DIFFRACTION	74	96
5.885-6.337	0.21	544	X-RAY DIFFRACTION	74	95
6.337-6.97	0.227	561	X-RAY DIFFRACTION	74	95
6.97-7.968	0.194	546	X-RAY DIFFRACTION	74	96
7.968-10.002	0.194	563	X-RAY DIFFRACTION	74	95
10.002-35.42	0.236	584	X-RAY DIFFRACTION	74	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)