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万見
- PDB-3et6: The crystal structure of the catalytic domain of a eukaryotic gua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3et6
タイトルThe crystal structure of the catalytic domain of a eukaryotic guanylate cyclase
要素(Soluble guanylyl cyclase beta) x 2
キーワードLYASE / guanylate cyclase / guanylyl cyclase / dimethylarsenic / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / cGMP-mediated signaling / heme binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily ...Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / guanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Winger, J.A. / Derbyshire, E.R. / Lamers, M.H. / Marletta, M.A. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of a eukaryotic guanylate cyclase.
著者: Winger, J.A. / Derbyshire, E.R. / Lamers, M.H. / Marletta, M.A. / Kuriyan, J.
履歴
登録2008年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble guanylyl cyclase beta
B: Soluble guanylyl cyclase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,47410
ポリマ－42,7142
非ポリマー7608
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.678, 123.678, 62.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Soluble guanylyl cyclase beta / Guanylate cyclase


分子量: 21305.025 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS at position 621
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_187517, CYG12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: Q5YLC2
#2: タンパク質 Soluble guanylyl cyclase beta / Guanylate cyclase


分子量: 21409.008 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CAS at position 621
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_187517, CYG12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: Q5YLC2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 5.0 - 6.4, 42-62% saturated (NH4)2HPO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→28.006 Å / Num. obs: 17490 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1.3 / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.612
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.55-2.694.30.5211.30.521198.2
2.69-2.854.40.3242.10.324196.8
2.85-3.054.30.2053.50.205197.6
3.05-3.294.40.1225.70.122196
3.29-3.614.30.0887.10.088196.8
3.61-4.034.30.0780.07196.2
4.03-4.664.20.05211.20.052194.9
4.66-5.740.053110.053193.6
5.7-8.064.60.04613.30.046194.4
8.06-28.014.40.02722.20.027190.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AZS

1azs


解像度: 2.55→28 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS / σ(F): 1.3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.215 1664 random
Rwork0.1716 --
obs0.1738 17490 -
all-18320 -
原子変位パラメータBiso mean: 72.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0672 Å20 Å2-0 Å2
2--5.0672 Å20 Å2
3----19.5214 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2860 0 40 99 2999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.839
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.625 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2981 123 -
Rwork0.2607 --
obs--0.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-1.17542.0971-4.39612.8281-1.31373.0945-0.2791-0.4517-0.49410.0217-0.0947-0.71170.31631.05020.14710.417-0.0628-0.07561.29710.24920.559-28.69238.4814-4.1848
21.2330.3901-0.8531.692-0.71322.49160.3551-0.70610.03520.3537-0.53660.0527-0.54720.86030.14330.4078-0.4461-0.040.94140.01530.278-41.236950.07374.92
32.0618-0.2058-3.01211.9846-1.33421.08760.0565-0.8249-0.25130.8271-0.51-0.0007-0.1191.28990.38240.4958-0.23960.00081.05520.00270.423-44.155438.345117.3622
40.7112-0.246-2.32640.8635-0.0757-0.46010.7566-0.3130.5041-0.235-0.46640.11330.05660.6087-0.30780.4387-0.3292-0.07730.52550.0570.3774-41.429255.4207-12.4317
50.37640.33290.80821.5119-0.023.698-0.10280.3698-0.02880.101-0.0876-0.26240.1571.29630.18660.07470.0006-0.03740.5570.0960.2818-41.41636.6472-16.7608
60.18130.00731.64410.61290.55412.7391-0.0023-0.0091-0.0759-0.0354-0.08140.1677-0.0223-0.02960.07140.04270.00480.01480.0926-0.01380.1859-57.750837.2414-22.3357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 467:475 or resid 578:595)A467 - 475
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 467:475 or resid 578:595)A578 - 595
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)A476 - 560
4X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)A569 - 577
5X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)A596 - 608
6X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 613:651)A613 - 651
7X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 467:475 or resid 578:595)B467 - 475
8X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 467:475 or resid 578:595)B578 - 595
9X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)B476 - 560
10X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)B569 - 577
11X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 476:560 or resid 569:577 or resid 596:608)B596 - 608
12X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 613:651)B613 - 651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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