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- PDB-3epe: Crystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epe
タイトルCrystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex with glutamate
要素Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GluR4 / AMPA receptor / ligand-gated ion channel / ligand-binding domain / Kainate / Alternative splicing / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / regulation of synapse structure or activity / Synaptic adhesion-like molecules / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex ...Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / regulation of synapse structure or activity / Synaptic adhesion-like molecules / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic density / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gill, A. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Correlating AMPA receptor activation and cleft closure across subunits: crystal structures of the GluR4 ligand-binding domain in complex with full and partial agonists
著者: Gill, A. / Birdsey-Benson, A. / Jones, B.L. / Henderson, L.P. / Madden, D.R.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
B: Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7694
ポリマ－57,4742
非ポリマー2942
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.374, 105.124, 66.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRMETMETAA1 - 1031 - 103
21THRTHRMETMETBB1 - 1031 - 103
12SERSERLYSLYSAA104 - 214104 - 214
22SERSERLYSLYSBB104 - 214104 - 214
13GLYGLYCYSCYSAA215 - 257215 - 257
23GLYGLYCYSCYSBB215 - 257215 - 257

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 4,Glutamate receptor


分子量: 28737.195 Da / 分子数: 2
断片: ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Sprague-Dawley / 遺伝子: Glur4,Glutamate receptor / プラスミド: pET16-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XJb(DE3) / 参照: UniProt: P19493
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.1M Na-Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月25日
放射モノクロメーター: Focusing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.27 Å / Num. all: 54964 / Num. obs: 52938 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FTJ

1ftj


解像度: 1.85→19.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22038 2790 5.3 %THIN SHELLS
Rwork0.19061 ---
obs0.19222 50144 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4028 0 20 310 4358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.9755548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7015512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4824.125160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46715772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7331520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22915
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4141.52556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75724123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50831562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4754.51425
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1806medium positional0.260.5
2871medium positional0.380.5
3331medium positional0.10.5
1806medium thermal0.422
2871medium thermal0.452
3331medium thermal0.332
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.187 3807 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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