PDB-3enz: Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3enz

タイトル

Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase with hypoxanthine, ribose and arsenate ion

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / CATALYTICALLY-RELEVANT ARSENOLYTIC-INTERMEDIATE-STATE COMPLEX / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Chaikuad, A. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Conservation of structure and activity in Plasmodium purine nucleoside phosphorylases.
著者: Chaikuad, A. / Brady, R.L.

履歴

登録	2008年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_chem_comp_identifier ...atom_site / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3enz.cif.gz	301.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3enz.ent.gz	247.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3enz_validation.pdf.gz	543.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3enz_full_validation.pdf.gz	558.6 KB	表示
XML形式データ	3enz_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	3enz_validation.cif.gz	82.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3emvC 1nw4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3phc-d 1nw4-d 3fow-1 3opv-2 2isc-d 4ttj-1 5znc-1 3opv-1 3dps-1 1q1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

C: Purine nucleoside phosphorylase

D: Purine nucleoside phosphorylase

E: Purine nucleoside phosphorylase

F: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

171 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.820, 177.820, 253.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-357- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	2	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 43
2	2	2	4	A	1 - 43

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The hexamer in the asymmetric unit represents the biological unit.

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質

Purine nucleoside phosphorylase

分子量: 27962.311 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFE0660c / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8I3X4, purine-nucleoside phosphorylase

#3: 糖

ChemComp-R1X / 1,4-anhydro-D-ribitol / 1-deoxyribose / 1-デオキシ-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide / 分子量: 134.130 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₄

-
非ポリマー , 5種, 599分子

#2: 化合物	ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン分子量: 136.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₄O
#4: 化合物	ChemComp-ART / ARSENATE / アルセナ-ト分子量: 138.919 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO₄
#5: 化合物	... ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4.0M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.196 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→145.86 Å / Num. all: 129248 / Num. obs: 129248 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.556 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345	CCD	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1NW4

1nw4

解像度: 2.03→145.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 5.408 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19325	6502	5 %	RANDOM
R_work	0.16035	-	-	-
all	0.16201	129248	-	-
obs	0.16035	122746	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→145.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11226	0	221	558	12005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	11665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.983	15755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.698	5	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.925	24.762	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.305	15	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.515	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	5529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.5	7325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.235	2	11744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.28	3	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.584	4.5	4005

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / 数: 144 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

Ens-ID	Dom-ID	タイプ	Weight position
1	1	medium positional	0.5
2	2	medium thermal	2

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	497	-
R_work	0.195	8953	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7269	0.5235	-1.0417	1.7027	-0.093	3.0232	0.1574	0.0014	0.1955	0.0644	-0.0385	-0.0675	-0.4344	0.1774	-0.1189	0.2114	-0.0145	0.0729	-0.0686	-0.0076	0.0148	43.4998	36.8207	36.7442
2	0.7029	-0.1106	-0.2511	1.6475	0.0396	0.7221	0.0317	-0.0532	0.029	0.1106	0.0092	0.1302	-0.1611	-0.0608	-0.0408	0.1206	0.0178	0.0678	0.0028	0.0018	0.009	37.5623	22.6862	38.7313
3	0.6377	0.4008	-0.343	1.1785	0.1785	1.8078	0.0639	0.076	-0.0209	-0.0844	-0.0486	0.1995	-0.1552	-0.23	-0.0153	0.1044	0.0375	0.0375	0.0609	0.0061	0.0927	30.9781	14.4792	29.4085
4	2.6736	0.09	1.2283	1.7021	0.4038	2.9275	0.0109	0.0007	0.0597	-0.0736	0.0309	0.1362	-0.1933	-0.1488	-0.0419	0.1409	0.0078	0.0695	0.0064	0.0192	0.07	35.4125	19.3844	33.3898
5	3.589	0.7842	3.4945	2.1778	2.8929	10.9546	0.0623	-0.108	0.0272	0.0157	0.0791	0.3055	-0.6744	-0.17	-0.1414	0.2431	0.0874	0.1154	-0.0133	0.0152	0.1182	28.7387	30.4861	39.4432
6	1.6103	-0.0786	-0.7386	2.2175	-0.8645	2.1493	0.1066	0.1816	0.174	-0.0315	0.009	0.1158	-0.3461	-0.1562	-0.1156	0.1873	0.0327	0.0706	-0.0078	0.0212	0.0261	44.7662	33.2507	12.772
7	1.2262	-0.1652	-0.3423	1.6233	-0.411	0.7095	0.0375	0.084	0.0398	-0.1921	-0.0407	-0.217	-0.0947	0.0432	0.0032	0.1498	-0.0085	0.0806	0.048	-0.0014	0.0576	57.7551	19.7545	14.8772
8	0.93	-0.261	-0.4447	0.6565	-0.0453	0.7968	0.0675	-0.0875	0.005	0.0391	-0.0525	-0.1914	-0.1317	0.1839	-0.015	0.1362	-0.0382	0.059	0.0631	-0.001	0.0997	62.7357	19.4965	23.6654
9	1.8591	0.3097	0.7663	1.7683	0.4297	2.5663	0.0411	0.0132	0.146	-0.002	0.0134	-0.1372	-0.1938	0.1154	-0.0545	0.1293	-0.0097	0.0748	0.0004	-0.0074	0.0743	57.5973	22.4553	20.2633
10	6.9337	2.7191	8.0308	3.0188	3.6761	16.0884	0.1067	0.2091	0.1348	-0.1033	0.0431	-0.1827	-0.3772	-0.1201	-0.1499	0.2158	-0.0011	0.1353	-0.0285	0.0399	0.1068	58.9271	33.6093	9.0826
11	1.3864	0.1483	-0.8845	1.6164	-0.4207	1.3043	-0.02	-0.079	-0.1681	0.0236	-0.0164	0.1005	0.0472	-0.081	0.0364	0.0543	-0.002	0.0627	0.0395	0.0364	0.0706	25.5454	-9.2383	53.3857
12	3.9999	0.3664	-1.0345	0.4871	0.455	1.4412	0.1374	-0.5392	-0.0252	0.2424	-0.1481	-0.1135	-0.2194	0.3185	0.0107	0.1383	-0.0328	0.0188	0.1375	0.0278	0.0353	43.7886	4.9119	57.9759
13	0.7548	0.2535	-0.5557	0.5751	-0.0886	1.0937	0.0236	-0.1033	-0.0212	0.0617	-0.0337	0.0202	-0.0476	0.0756	0.0101	0.0855	-0.0037	0.0474	0.0396	0.0181	0.0621	41.0488	3.5426	47.434
14	1.7799	-0.2508	-0.9881	1.1607	0.0701	1.108	-0.0368	-0.4121	-0.0198	0.2232	-0.0353	-0.0555	-0.0226	0.2501	0.0721	0.1419	-0.0056	0.0611	0.1328	0.0483	0.0582	37.9297	0.6057	59.2925
15	62.0919	-53.2512	-15.6851	69.2866	26.0273	42.5246	1.0985	1.2583	1.0903	-2.3745	-1.3627	-1.2046	-2.2925	-1.9358	0.2642	0.1642	0.1578	0.0089	0.1171	-0.0609	0.2535	13.6085	7.1402	50.7029
16	1.3926	0.0064	-0.7235	2.3978	-0.8818	3.1009	-0.0622	0.0079	-0.1341	-0.2023	-0.1191	-0.4016	0.1169	0.2331	0.1813	0.062	0.0135	0.1454	0.0171	-0.0113	0.1073	77.5587	-5.4719	1.3828
17	2.3734	-0.4941	-0.2997	1.0758	-0.0831	1.2171	-0.0259	0.3042	-0.063	-0.2118	-0.0547	-0.0347	-0.0536	0.0129	0.0806	0.1308	-0.001	0.0912	0.0291	-0.0252	0.0537	62.9024	-0.0764	4.1541
18	0.9666	-0.1282	-0.25	1.0039	0.0837	1.0649	0.0267	0.1189	0.0201	-0.1574	-0.0274	-0.0781	-0.0999	-0.0464	0.0007	0.1045	0.0135	0.0823	0.0324	-0.008	0.0618	58.1936	3.6063	7.3308
19	2.2738	0.045	0.1804	0.772	0.3325	1.6589	0.015	0.2102	-0.1638	-0.145	-0.0396	-0.0525	0.0475	-0.0613	0.0246	0.1411	-0.0062	0.0753	0.0252	-0.0191	0.062	55.5428	0.6302	6.1488
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21	2.0359	-0.1771	-0.6637	3.0431	-0.3129	1.9627	-0.1618	-0.4039	-0.4003	0.26	0.0533	-0.0119	0.2329	0.1705	0.1086	0.0538	0.0634	0.1097	0.0127	0.1407	0.1056	45.1571	-25.5563	54.1134
22	2.3418	0.1393	0.7623	1.1214	0.0605	3.3794	-0.2025	-0.0368	-0.3165	-0.1452	-0.0583	-0.0432	0.3271	-0.0861	0.2608	0.115	-0.0001	0.1554	-0.0827	0.0327	0.1852	42.1766	-26.3953	36.9171
23	0.8897	0.2011	-0.3324	0.8809	0.0658	1.2598	-0.1577	0.0349	-0.249	-0.0697	0.0243	-0.0139	0.1981	0.0176	0.1335	0.1024	0.0041	0.0989	-0.0279	0.0134	0.1236	44.3886	-20.1231	33.0931
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25	10.3133	-3.2382	3.6954	3.9624	-1.6811	4.2409	-0.3693	-0.1404	-0.3969	-0.0348	0.086	0.0098	0.4896	-0.0689	0.2833	0.1732	-0.0298	0.2188	-0.1256	0.049	0.1927	39.0721	-33.379	41.8306
26	1.7356	-0.4437	-1.2085	2.1951	0.2275	3.3432	-0.1566	0.1006	-0.2344	-0.0245	0.0489	0.1391	0.1845	-0.0072	0.1077	0.0732	-0.0044	0.1489	-0.0454	-0.0598	0.1125	63.5824	-26.1725	4.1069
27	0.7295	-0.2451	-0.3177	0.889	0.285	1.3155	-0.1785	-0.0743	-0.2476	0.011	0.041	-0.0737	0.2436	0.1618	0.1375	0.1012	0.0429	0.1422	-0.0191	0.0251	0.1369	62.2089	-21.7661	21.4278
28	1.6262	0.3814	-0.3216	1.1935	0.3936	1.8505	-0.1688	-0.0868	-0.1376	-0.0203	0.0366	-0.1963	0.1118	0.2982	0.1322	0.0715	0.05	0.1184	-0.0236	0.0392	0.1336	63.4417	-17.6649	25.0784
29	24.5855	-22.0073	-14.372	71.7102	16.765	8.6939	-0.8495	-1.1542	0.292	-1.1449	0.9235	-2.8696	0.6459	0.9911	-0.074	0.3368	0.2755	0.1305	0.3293	0.1174	0.3881	81.1438	-18.3888	22.6373
30	26.5434	8.0685	5.9974	7.4276	2.6752	4.1339	-0.0505	-0.3296	-0.7597	-0.0394	0.0729	-0.1575	0.7621	0.0843	-0.0224	0.2156	0.097	0.2743	-0.1321	0.0424	0.1532	66.1684	-35.517	18.103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	143 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	216 - 246
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	81 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	142 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	184 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	218 - 247
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 86
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	87 - 109
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	110 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	195 - 243
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	244 - 248
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	3 - 63
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	64 - 109
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	110 - 168
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	169 - 215
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	216 - 246
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	3 - 77
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	78 - 109
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	110 - 191
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	192 - 213
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	214 - 245
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	3 - 50
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	51 - 170
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	171 - 213
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	214 - 223
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	224 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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