PDB-3ems: Effect of Ariginine on lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ems

タイトル

Effect of Ariginine on lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / LYSOZYME / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME / ARGININE / Allergen / Antimicrobial

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.651 Å

データ登録者

Ito, L. / Shiraki, K. / Matsuura, T. / Yamaguhi, H.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Effect of Ariginine on lysozyme
著者: Ito, L. / Shiraki, K. / Matsuura, T. / Yamaguhi, H.

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ems.cif.gz	43.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ems.ent.gz	28.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ems.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3ems ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3ems	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1helS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a34-d 5kki-d 2lyz-d 1hsw-d 3lym-d 6sik-d 6ll3-d 4xjg-d 6goi-d 1n4f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.357, 78.357, 37.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-194- HOH
2	1	A-195- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Egg / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.5M NaCl, 0.5M Arg, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54184 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月15日 / 詳細: RIGAKU RAXIS IV

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54184 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 11.5 / 数: 77164 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / D res high: 1.8 Å / D res low: 55.407 Å / Num. obs: 10974 / % possible obs: 97.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.69	33.69	99.6	1	0.032	0.032	7.8
4.02	5.69	100	1	0.033	0.033	8.7
3.29	4.02	100	1	0.037	0.037	8.2
2.85	3.29	99.8	1	0.041	0.041	7.4
2.55	2.85	99.4	1	0.044	0.044	7.1
2.32	2.55	98	1	0.051	0.051	7
2.15	2.32	95.6	1	0.069	0.069	6.8
2.01	2.15	95.1	1	0.08	0.08	7.1
1.9	2.01	95.9	1	0.11	0.11	7
1.8	1.9	97.2	1	0.127	0.127	5.3

反射

解像度: 1.651→33.69 Å / Num. obs: 13095 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 11.182

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.65-1.74	2	0.107	6.5	1983	982	0.107	48.7
1.74-1.84	4	0.13	5.3	7618	1895	0.13	97.1
1.84-1.97	6.4	0.12	5.7	11427	1776	0.12	96.2
1.97-2.13	7.1	0.085	7.8	11725	1649	0.085	95.7
2.13-2.33	6.9	0.068	8.8	10465	1522	0.068	95.4
2.33-2.61	7	0.049	13.3	9951	1428	0.049	98.5
2.61-3.01	7.2	0.043	14.5	9293	1294	0.043	99.5
3.01-3.69	7.8	0.04	14.6	8680	1109	0.04	99.9
3.69-5.22	8.6	0.033	17.7	7711	896	0.033	100
5.22-33.69	8	0.033	15.4	4325	544	0.033	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	33.69 Å
Translation	3.5 Å	33.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HEL

1hel

解像度: 1.651→33.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.21 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.868 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / SU R_free: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	657	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.207	13066	90.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 35 Å² / B_iso mean: 12.075 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.651→33.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1029	0	50	113	1192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.979	1.91	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.377	5	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.128	22.037	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.837	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.149	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.081	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.363	1.5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.696	2	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.172	3	449
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.88	4.5	405

LS精密化シェル

解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	10	-
R_work	0.286	229	-
all	-	239	-
obs	-	-	22.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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